Dominique Joly (EGCE) et Sylvie Salamitou (EGCE) ont coordonné avec Denis Faure (I2BC) l'écriture d'un ouvrage collectif sur la Génomique Environnementale.

Ce livre s'appelle "Empreinte du vivant l'ADN de l'Environnement" et est édité par le CNRS et le cherche midi.

Le livre offre un panorama de la recherche actuelle en Génomique Environnementale et a été écrit par des membres de la communauté française de ce domaine pour un public curieux mais non spécialiste.

Ses 10 chapitres abondamment illustrés par de belles photos abordent des sujets de l'actualité en GE.

Il est disponible en librairie au prix de 24,90 euros.

Vous pouvez consulter le dossier de presse en cliquant ici.

Ne pas oublier: Journées FRB: les scénarios de la biodiversité à l'heure du changement climatique. 1 et 2 octobre 2015 à la maison des océans à Paris 5ème.

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Les travaux d'un groupe de chercheurs autour de Tatiana Giraud (ESE) sur les génomes des champignons des fromages se retrouvent propulsés dans les blogs de grands journaux comme le Monde et même le New York Times.

Les chercheurs ont montré que les champignons de fromages comme le camembert ou le roquefort possèdent dans leurs génomes des îlots génétiques communs que n'ont pas les souches sauvages. Ces îlots leur serviraient à utiliser le lactose du lait. Les chercheurs font l'hypothèse d'un transfert horizontal entre souches domestiquées. Les transferts horizontaux chez les eucaryotes n'ont pas été démontrés souvent contrairement à ce qu'il se passe chez les bactéries.

Pour lire l'article du blog  du New York Times, cliquer ici. Pour lire celui du Monde. et pour lire la brève qui était parue sur le site de l'INEE. Enfin l'article original a pour références:

Multiple recent horizontal transfers of a large genomic region in cheese making fungi, publié le 10 janvier 2014 dans Nature communications par Kevin Cheeseman, Jeanne Ropars, Pierre Renault, Joëlle Dupont, Jérôme Gouzy, Antoine Branca, Anne-Laure Abraham, Maurizio Ceppi, Emmanuel Conseiller, Robert Debuchy, Fabienne Malagnac, Anne Goarin, Philippe Silar, Sandrine Lacoste, Erika Sallet, Aaron Bensimon, Tatiana Giraud et Yves Brygoo.

 

Le travail d'Hélène Badouin et collaborateurs a été sélectionné pour une brève sur le site de l'INEE. Ce travail concerne les chromosomes sexuels d'un champignon pathogène des fleurs, Mycobotryum lychnidis-dioicae. Grâce à une nouvelle méthode de séquençage, les auteurs sont parvenus à séquencer entièrement ces chromosomes, confirmant que des régions entières ne recombinent pas (environ 90%).

L'article original a été publié dans Genetics en ligne:

Chaos of rearrangements in the mating-type chromosomes of the anther-smut fungus Microbotryum lychnidis-dioicae, par Hélène Badouin, Michael E Hood, Jérôme Gouzy, Gabriela Aguileta, Sophie Siguenza, Michael H Perlin, Christina A Cuomo, Cécile Fairhead, Antoine Branca, Tatiana Giraud publié le 03 juin 2015 dans Genetics
DOI: 10.1534/genetics.115.177709

Vous pouvez lire la brève parue le 25 août sur le site de l'INEE à l'adresse suivante: http://www.cnrs.fr/inee/communication/breves/b131.html.

 

Un autre travail de l'équipe de Tatiana Giraud a fait l'objet d'une brève de l'INEE. Il s'agit de l'article d'Amandine Cornille sur les flux de gènes entre les pommiers cultivés et les pommiers sauvages d'Europe qui sont favorisés par les activités humaines. Ces flux pourraient compromettre l'intégrité des pommiers sauvages à terme. Tatiana Giraud tire la sonnette d'alarme dans la brève parue sur le site de l'INEE: http://www.cnrs.fr/inee/communication/breves/b132.html.

L'article original est disponible dans Evolutionary Applications:

Anthropogenic and natural drivers of gene flow in a temperate wild fruit tree: a basis for conservation and breeding programs in apples, par Amandine Cornille, Alice Feurtey, Uriel Gélin, Jeanne Ropars, Kristine Misvanderbrugge, Pierre Gladieux et Tatiana Giraud publié le 25 février 2015 dans Evolutionary Applications
DOI: 10.1111/eva.12250.

 

 

Une nouvelle publication de l'équipe de Tatiana Giraud (ESE) s'intéresse aux réarrangements des chromosomes du champignon Microbotryum

Les chromosomes sexuels possèdent souvent de larges régions dans lesquelles la recombinaison est supprimée, et qui montrent en conséquence une grande divergence et des signes de dégénérescence. Ces régions génomiques accumulent de nombreuses séquences répétées et sont donc souvent difficiles à assembler.Cela est également le cas pour les chromosomes portant les gènes de types sexuels chez certains champignons, en particulier les champignons pathogènes de plantes du genre Microbotryum. Un projet financé par une ERC et par l’IDEEV, en collaboration entre des équipe de l’ESE et du Moulon, vient de révéler que la nouvelle chimie de Pacific Bioscience permet un assemblage complet d’un génome de Microbotryum, y compris des régions très répétées comme les centromères et les chromosomes de types sexuels. L’assemblage montre que la recombinaison est supprimée sur près de 90% des chromosomes de types sexuels et qu’il y a eu des réarrangements massifs et une forte dégénérescence, avec des pertes de centaines de gènes sur l’un ou l’autre des chromosomes et une accumulation énorme de séquences répétées (Badouin et all. 2015 Genetics publié en ligne).

 


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