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Titre
Analyse bio-informatique de la dynamique évolutive des séquences d'ADN répétées

Nom de l'équipe d'accueil
Éléments Génétiques Mobiles

Responsable
Hua-Van

Profil du candidat


Descriptif du stage
Les génomes des eucaryotes contiennent de nombreuses séquences répétées, en particulier des éléments transposables. Les éléments transposables se dupliquent et bougent dans les génomes de manière active, en codant les enzymes qui facilitent leur copie et leur réinsertion. Cependant, on connait mal leur dynamique évolutive : leur activité est-elle constante, dépend-elle de facteurs extérieurs, est-elle synchronisée entre les différentes familles d'éléments mobiles ? Pour répondre à ces questions, nous disposons de modèles statistiques qu'il est possible d'appliquer aux séquences d'ADN issues du séquençage des génomes. Au cours du stage, l'étudiant(e) apprendra à utiliser des outils bio-informatiques pour récupérer ces séquences d'éléments transposables dans les génomes, en retracer l'histoire évolutive en calculant leur phylogénie, et dater les phases d'activité de transposition.

Références


Mots clefs


Contact
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Date de validité
Dimanche 30 Juin 2013

Duré (mois)
2

Date de publication du stage
Vendredi 14 Septembre 2012


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