Séminaires on IDEEV

Revisiting the age-old debate on fluctuating asymmetry and sexual selection

Mon, 24 Aug 2026 00:00:00 +0200

The developmental instability-sexual selection hypothesis postulates fluctuating asymmetry (FA) in individuals as a readout of their developmental instability, and that it is thus a reliable cue to assess the genetic quality of potential mates and competitors. Innumerable studies across the taxa have tested this hypothesis over the last four decades, but the experimental data is heterogeneous and largely inconclusive. The hypothesis remained a highly controversial topic in biology with several criticisms levied against it. The observed heterogeneity in the vast amount of empirical data, is biologically relevant and needs to be understood. By revisiting this empirical data, I propose a new theory that re-establishes the idea that FA is indeed a target for sexual selection; explains satisfactorily the heterogeneity in data so far; and addresses the criticisms levied against some postulates of the original hypothesis. Using Drosophila melanogaster, a species wherein females identify symmetric males through their song and preferentially mate with them, I empirically validate this new theory.

TBD

Thu, 10 Sep 2026 00:00:00 +0200

Impact of abiotic and biotic stresses on the regulation of genes, transposable elements, and the methylome: insights from the apple–aphid interaction

Wed, 23 Sep 2026 00:00:00 +0200

Thèse dirigée par Amandine Cornille et co-encadré par Natalia Conde e Silva.

Résumé

Comprendre comment les pressions environnementales et la domestication des cultures façonnent les réponses des plantes aux stress abiotiques et biotiques est une question centrale en biologie évolutive. Mon projet de thèse s’est composé de trois chapitres principaux pour évaluer les bases génomiques, transcriptomiques et épigénomiques de l’adaptation aux stress et de l’impact de la domestication chez le pommier sauvage (Malus sylvestris, M. orientalis, M. sieversii) et cultivé (M. domestica), ainsi que chez leur principal ravageur en Europe, le puceron cendré du pommier (Dysaphis plantaginea).

Apports de « l’approche patrimoniale de la gestion de la qualité du vivant » à la prise en charge de la biodiversité dans les territoires ruraux

Thu, 03 Sep 2026 00:00:00 +0200

Membres de l’encadrement

Mme FRASCARIA-LACOSTE Nathalie (Pr., AgroParisTech), directrice de thèse
Mme MAZÉ Armelle (IR HDR, INRAe), directrice de thèse
M. de MONTBEL Ambroise (IR, AgroParisTech), encadrant de thèse
M. PUPIN Vincent (docteur, consultant indépendant), encadrant de thèse

Résumé

Nous nous interrogeons ici sur les apports de « l’approche patrimoniale de la gestion de la qualité du vivant » (Ollagnon, 1998) pour aborder, susciter, améliorer la prise en charge de la biodiversité dans les territoires ruraux. Cette approche propose, en effet, un cadrage théorique et des démarches pour aborder cette question complexe, multi-acteurs et transverse dans une perspective d’action.

“Neuroecology of dipterian flight - halthere mechanics and the evolutin of wing reduction”

Mon, 21 Sep 2026 00:00:00 +0200

The order Diptera is found worldwide across diverse environments and includes species with varied lifestyles, with some exhibiting exceptional flight. What sets dipterans apart from other insects and is believed to underlie differences in flight, particularly in response time, is their halteres. The haltere system consists of tiny, club-shaped organs on the metathorax that evolved from the second pair of wings. While they do not serve an aerodynamic function, halteres provide essential sensory input to flight. Halteres vary among dipteran families in size, shape, and campaniform sensilla parameters. However, the evolutionary and neural logic linking haltere structure, sensory encoding, and flight behaviour across dipteran diversity remains poorly understood. Here, I present my work on the aerial righting reflex of hoverflies, the visual and mechanosensory cues stabilising flight after take-off, the campaniform activity on the Drosophila haltere, the haltere haemolymph flow using fluorescent bead tracking and CT scans to understand internal fluid dynamics and their role in haltere mechanics. This work proposes a comparative neuroecological project examining how haltere morphology, campaniform sensilla organisation, and neural circuits have diversified across dipteran families to understand the evolutionary transitions underlying halteres evolution.

Evolution des chromosomes sexuels chez les champignons Microbotryum

Thu, 01 Oct 2026 00:00:00 +0200

Travaux dirigés par Tatiana GIRAUD (ESE) et Susana COELHO (Max planck Institute) - Cotutelle avec l’Université de Tübingen (Allemagne)

Résumé

Les chromosomes sexuels possèdent généralement de vastes régions sans recombinaison qui présentent une forte différenciation entre chromosomes sexuels complémentaires. Plusieurs mécanismes proximaux ont été proposés pour expliquer l’origine, le maintien et l’expansion de la suppression de la recombinaison, notamment les inversions chromosomiques ou des mécanismes épigénétiques modifiant la structure de la chromatine et la recombinaison. Des travaux récents ont montré que les régions non recombinantes des chromosomes de type sexuel chez les champignons du genre Microbotryum sont nombreuses, avec des histoires évolutives diverses. Ils ont également observé que les strates évolutives ne présentaient pas toutes des inversions. Dans ce contexte, cette thèse vise à étudier les causes proximales de la suppression de la recombinaison sur les chromosomes de type sexuel chez Microbotryum. Ce projet s’articule autour de trois objectifs principaux. (i) Déterminer si la méthylation de l’ADN est associée à la suppression de la recombinaison et si cette marque épigénétique est présente dès les premiers instants suivant la cessation de la recombinaison. (ii) Étudier la méthylation de l’ADN au cours de la méiose. Au cours de cette phase cellulaire, les crossing-overs se forment et entraînent des recombinaisons chromosomiques. Une augmentation transitoire de la méthylation de l’ADN pendant cette phase pourrait empêcher la formation des crossing-overs et ainsi contribuer à l’expansion des régions non recombinantes. (iii) Déterminer comment les modifications des histones sont associées à la suppression de la recombinaison et si elles participent, en interaction avec la méthylation de l’ADN, à l’établissement et au maintien de la suppression de la recombinaison. Les données de méthylation de l’ADN ont été obtenues chez 13 espèces de Microbotryum, un champignon pathogène responsable de la maladie du charbon des anthères chez les plantes du genre Silene. Le profil de méthylation a été établi par séquençage après traitement au bisulfite de l’ADN à partir de sporidies haploïdes et de cellules en méiose. Des données de ChIP-seq ont également été générées à partir de sporidies haploïdes, afin d’analyser les modifications histones en association avec les régions sans recombinaison. Les analyses ont révélé que les niveaux de méthylation étaient globalement faibles dans le génome de Microbotryum, à l’exception des centromères et des régions non recombinantes. Le niveau de méthylation augmente avec l’âge des régions non recombinantes. Les analyses ChIP-seq ont révélé une forte association entre les éléments transposables, les modifications d’histones liées à la formation d’hétérochromatine, la méthylation de l’ADN et les régions non-recombinantes. Les résultats soutiennent un modèle de répression progressive des éléments transposables, dans lequel les marques épigénétiques nouvellement formées sont d’abord les marques d’hétérochromatine facultative (H3K27me3), puis les régions acquièrent progressivement H3K9me3, conduisant à l’établissement d’une hétérochromatine constitutive stable. D’autre part, l’accumulation de marques d’histones, liée à la condensation hétérochromatique, à proximité des limites des régions pseudo-autosomales, soutient l’hypothèse selon laquelle le remodelage de la chromatine contribue à l’expansion de la suppression de la recombinaison chez Microbotryum. Les résultats de ma thèse suggère que les deux processus épigénétiques que sont la modification d’histones et la méthylation de l’ADN seraient liés à l’arrêt de la recombinaison, la première instaurant des zones d’hétérochromatine favorables au blocage des crossing-overs et la seconde permettant, sur le long terme, le maintien de ces zones de non-recombinaison.

Adapting behaviour to a changing world: from energetic constraints to individual variation

Mon, 24 Aug 2026 00:00:00 +0200

Animals face environments in which resources and physical conditions change over time. Behavioural flexibility can allow them to adjust to such changes, but these responses are shaped by both environmental conditions and the physiological constraints under which behaviour is expressed. Understanding these interactions is important for determining how animals cope with increasingly variable environments. Using bumblebees as a model system, my research examines how environmental conditions influence behaviour and its energetic costs. I will present recent work investigating how resource distribution shapes the balance between foraging and reproductive behaviour, the energetic expenditure associated with ecologically relevant behaviours, and how warming affects metabolic investment.

Patrons, vecteurs et mécanismes des transferts horizontaux chez les insectes

Thu, 03 Sep 2026 00:00:00 +0200

Thèse effectuée sous la direction de Clément Gilbert (EGCE) et Sylvain Charlat (PIMIT).

Résumé

Les transferts horizontaux se caractérisent par le passage d’ADN entre organismes via un mécanisme autre que la reproduction. Longtemps considérés comme anecdotiques chez les eucaryotes, des études récentes à large échelle ont montré que les transferts horizontaux sont largement répandus, et ce particulièrement chez les insectes. Cependant, les mécanismes permettant le passage d’ADN d’un organisme à l’autre restent largement inexplorés. L’une des principales hypothèses proposées suggère un rôle possible des virus en tant que vecteurs de transferts, néanmoins ce rôle reste à être évalué. Pour explorer cette hypothèse, cette thèse s’est focalisée sur deux types de virus, les polydnavirus (virus domestiqués de guêpes parasitoïdes) (PDV) et les grands virus à ADN. Les PDV semblent être de véritables agents naturels des transferts horizontaux entre les guêpes parasitoïdes et leurs hôtes. Nous avons cherché à tester expérimentalement la capacité des PDV à s’intégrer dans la lignée germinale de l’hôte suite à un parasitisme. Aucune intégration germinale n’a pu être détectée, malgré nos efforts, suggérant que ce processus est très rare. De plus, plusieurs aspects des mécanismes permettant l’intégration des PDV dans le génome de l’hôte demeurent inexplorés. Par conséquent, nous avons identifié les facteurs influençant le nombre d’intégrations somatiques de PDV observées chez des hôtes parasités : la quantité de PDV injectée dans l’hôte, l’identité des cercles de PDV, et la susceptibilité de l’hôte peuvent moduler les variations du nombre d’intégrations. Par ailleurs, nous avons exploré l’idée que les transferts horizontaux de PDV entre guêpes et leurs potentiels hôtes pourraient révéler de nouvelles interactions écologiques. Nous avons ainsi détecté des PDV intégrés dans le génome d’hôtes connus pour être parasités par des guêpes porteuses de PDV, tels que les lépidoptères, coléoptères et symphytes (hyménoptères). De manière plus inattendue, nous avons également mis en évidence des transferts horizontaux chez les orthoptères et les phasmes, qui ne sont pas connus pour être parasités par les guêpes utilisant des PDV. Ces résultats montrent qu’il est possible d’identifier de potentielles nouvelles interactions écologiques grâce aux transferts horizontaux. Enfin, nous avons cherché la présence de transferts d’éléments transposables entre différentes espèces virales de baculovirus (grands virus à ADN). Une telle observation contribuerait à expliquer pourquoi de nombreux transferts horizontaux d’éléments transposables se produisent entre des espèces d’insectes éloignées phylogénétiquement, écologiquement ou géographiquement. Nous n’avons pas réussi formellement à caractériser de tels transferts, néanmoins, cette étude préliminaire nous apporte des pistes d’amélioration de nos méthodes pour mieux comprendre le rôle des virus dans les transferts horizontaux chez les insectes.

Hosts on the run: the evolution of parasite avoidance

Mon, 24 Aug 2026 00:00:00 +0200

Hosts can defend themselves from infection by preventing the establishment and proliferation of the pathogens they encounter. Alternately, they can avoid contact with pathogens in the first place. The first mechanism, resistance, has garnered decades of theoretical and empirical research on its evolution, and this work demonstrates that genetic variation at resistance loci is maintained through balancing selection imposed by costs and/or genetic specificity. In contrast, we lack basic data and theory needed to understand the evolution of the second mechanism, pathogen avoidance. Avoidance represents a host’s first line of defense against pathogens, and it dictates the extent to which downstream defenses, like resistance, contribute to variation in fitness. My lab has accordingly set out to characterize the basic evolutionary parameters of this understudied defense. I will share some of our latest work testing whether avoidance evolves under similar processes as resistance, using the model nematode Caenorhabditis elegans and genomic surveys of wild-derived strains. Our initial results suggest that avoidance, and not just resistance, may contribute to the pervasive signatures of pathogen-associated diversity in host genomes.

Compte-rendu des Assises Nationales de la Recherche

Thu, 24 Sep 2026 00:00:00 +0200

Le colloque inaugural des Assises de la Recherche a eu pour vocation d’engager une analyse prospective rigoureuse, ancrée dans nos pratiques professionnelles et nourrie par les travaux de recherche les plus aboutis portant sur l’ESR et les politiques éducatives.

Chaque session s’est articulée autour de contributions structurées et formalisées selon les standards scientifiques. Ces interventions ont conduit à une première série de propositions originales pour repenser les missions, l’organisation et les conditions d’exercice de l’Université et de la recherche. Elles ont nourri un temps de confrontation et de délibération collective, dimension caractéristique de l’esprit même des Assises.

The evolution of Drosophila color patterns: Tales of convergence, dominance and plasticity

Thu, 06 Aug 2026 00:00:00 +0200

Animal pigmentation provides an unusually tractable system for asking how phenotypic diversity evolves. Across animals, similar color phenotypes can arise through either repeated use of the same genes, or through different molecular routes. I will use a striking female-limited color polymorphism in the Drosophila montium clade to explore several broader questions about the predictability and mechanisms of phenotypic evolution. Many species have independently evolved discrete light and dark female morphs, and earlier work showed that this recurrent evolution repeatedly involves the transcription factor pdm3, suggesting that some loci may represent preferred evolutionary targets. Recent comparative mapping and sequence analysis reveal a more complex history: similar polymorphisms have arisen through multiple independent mutations at pdm3, often involving distinct non-coding structural variants, while closely related species can also share color alleles through ancestral polymorphism or introgression.

Host factors promoting benefit from arbuscular mycorrhizal symbiosis

Fri, 11 Sep 2026 00:00:00 +0200

Arbuscular mycorrhizal fungi are ubiquitous in cultivated soils, forming symbiotic relationships with the roots of major crop species. Studies in controlled conditions have demonstrated the potential of the symbiosis to enhance the growth and nutrient efficiency of host plants. It is difficult, however, to estimate the benefit in the field, not least because of the lack of suitable AMF-free controls. We report the use of maize genetic mutants to generate AMF incompatible sentinel plants that serve as a baseline against which to evaluate the impact of the symbiosis. To estimate the overall effect of AMF and characterise the impact of host plant genetics on symbiotic outcome, we have selectively incorporated MF-incompatibility into maize genetic mapping populations. Using high resolution soil maps, we have shown response to AMF to vary dramatically within a single field, reflecting heterogeneity in nutrient availability. We have used QTL analysis to identify regions of the genome linked to differential performance in the presence or absence of arbuscular mycorrhizal symbiosis. In combination with allele-specific expression analysis, we are identhttps://moulon.inra.fr/en/acces/ifying candidate genes associated with different aspects of host response to AMF. The genetic architecture of host response indicates that there are trade-offs between growth with or without AMF. As such, as we pursue efforts to reduce agricultural inputs and make better use of AMF in the efficient use of soil resources, we may need to consider not only changes to management practices but also to the genetic make-up of the crops themselves.

Bridging the micro macro gap in speciation research: identifying microevolutionary processes that explain differences in diversification between lineages

Thu, 06 Aug 2026 00:00:00 +0200

Phylogenetic estimates of speciation rates have revealed a high heterogeneity across lineages and we expect to explain the variation in speciation rates by differences in microevolutionary mechanisms. Here, I will talk about the link between microevolutionary processes and macroevolutionary speciation rates. In a first part, I will show the results of an analysis of a speciation model based on the prediction of the genetic divergence and polymorphism between populations under different scenarios. By varying parameters that describe species traits, evolutionary processes, and speciation scenarios, I assess how these factors shape speciation dynamics. I show that the link between population size and speciation duration depends on the speciation scenario, in particular that faster speciation between smaller populations is typical of non-ecological speciation. A positive correlation between population size and speciation duration in plants, which I demonstrate using previously inferred demographic parameters on genomic datasets, suggests that speciation occurs primarily through a non-ecological scenario, i.e., that adaptation to different environments is not the main source of reproductive isolation.

Allergies, biodiversité et société ?

Thu, 06 Aug 2026 00:00:00 +0200

Si la biodiversité est vitale pour l’humanité, nombreuses sont les espèces qui posent des problèmes de santé publique. Les allergies respiratoires dues au pollen en sont des bons exemples. Au cours du XXème siècle, on a observé une augmentation de la fréquence et de la sévérité des allergies. Comment peut-on l’expliquer ? Quels sont les liens avec les changements globaux ? Quelles sont les conséquences des allergies pour la santé à court mais aussi à long terme ? Alors que les procédures d’évitement sont difficiles à mettre en oeuvre comment agir pour minimiser les risques allergiques tout en préservant la diversité des plantes en ville ?

Trajectoire écologique de sols urbains désimperméabilisés

Wed, 26 Aug 2026 00:00:00 +0200

Thèse dirigée et encadrée par Paul Bois, Stéphane Bazot, Audrey Muratet, Adine Hector et Cyril Gérard, travaux réalisés dans le cadre d’une thèse CIFRE au sein de l’Eurométropole de Strasbourg et des laboratoires ICube, ESE et LIVE.

Résumé

Désimperméabiliser des sols - retirer la couche imperméable - permet-il de rétablir les fonctions écologiques d’un sol urbain et d’orienter sa trajectoire écologique vers celle d’un écosystème de référence ? La désimperméabilisation est ici analysée comme une perturbation et un réducteur de stress susceptibles d’accélérer la pédogénèse et de contribuer à la réhabilitation écologique des sols.

Invasive species: friend, foe, or family? Some perspectives on invasive species from an island nation

Wed, 01 Jul 2026 00:00:00 +0200

In an island nation such as New Zealand, invasive species such as mammalian predators (e.g. stoats, rats, feral cats) can have devastating effects for native species, with many of our birds and reptiles now classified as vulnerable or threatened. However, not everyone agrees on how we should remove invasive predators, or even that we should. I will discuss some perspectives from local Indigenous Māori communities with whom I have worked, and relational views of nature that encompass invasive species such as the kiore or Pacific rat (Rattus exulans) and see them as cultural treasures, as well as how European colonisation has also resulted in cultural use shifts towards introduced and invasive species, including pigs.

Mechanisms Underlying Durable Disease Resistance in the Yuanyang Rice Terraces

Thu, 06 Aug 2026 00:00:00 +0200

The Honghe Hani rice terraces of Yuanyang, Yunnan, are a UNESCO World Heritage site with over 1,300 years of continuous cultivation. There, more than 200 traditional rice varieties are grown in mixtures right beside the centre of diversity of the rice blast fungus (Magnaporthe oryzae), yet disease levels have remained low over the long term without any fungicide application. The talk accounts for that outcome through four mutually corroborating lines of evidence: effector–immunity interactions between the indica and japonica compartments build an immune barrier at the landscape scale; the landraces retain genetic diversity on a global scale, further enriched and maintained by balancing selection in immunity-related regions; the coexistence of five rice blast lineages constrains the risk of specialisation-driven epidemics; and farmer seed-exchange networks allow this configuration to persist over time.

Fossé micro–macro dans la recherche sur la spéciation : identifier les processus micro-évolutifs qui expliquent les différences de diversification entre lignées

Thu, 11 Jun 2026 00:00:00 +0200

Thèse réalisée sous la co-direction de Hélène Morlon et Tatiana Giraud.

Résumé

La spéciation est le processus par lequel une espèce donne naissance à deux espèces distinctes. Ce processus est à l’origine de la biodiversité sur Terre. Les estimations phylogénétiques des taux de spéciation ont montré que la fréquence des évènements de spéciation est très variable entre lignées. La spéciation étant la conséquence à large échelle de processus micro-évolutifs, on peut espérer expliquer la variabilité des taux de spéciation par des différences de mécanismes micro-évolutifs.

From drawers to genomes: revealing hidden evolutionary histories in insect collections

Tue, 16 Jun 2026 00:00:00 +0200

Museum collections have long served as repositories of biodiversity, preserving specimens that document the history of life on Earth. Recent advances in museomics, the application of genomic approaches to historical and archival specimens, have expanded their value beyond traditional taxonomy and systematics. By recovering genomic information from museum specimens, it is now possible to investigate evolutionary relationships, population history, genome evolution, and potentially even aspects of species ecology and biological interactions.

Dynamics of insect pest communities and biological control under a changing climate

Fri, 15 May 2026 00:00:00 +0200

Climate change is profoundly altering the interactions among crops, insect pests, and their natural enemies, with major implications for agricultural sustainability and food security. My research combines experimental ecology, chemical ecology, and predictive modelling to understand how rising temperature and atmospheric CO₂ reshape insect community dynamics and the effectiveness of biological control. Using controlled phytotron experiments, behavioural assays, and spatial modelling, I investigate the mechanisms through which climate change affects plant–herbivore–parasitoid interactions. My work has shown that climate change can modify host plant quality, alter volatile-mediated communication, and shift the performance and geographical suitability of key parasitoids used in biological control. These insights have been applied to several systems of major agricultural importance, including maize stemborers, fall armyworm, and the invasive tomato leaf miner Phthorimaea absoluta (Meyrick) (Lepidoptera: Gelechiidae) and its parasitoid Dolichogenidea gelechiidivoris (Marsh) (Hymenoptera: Braconidae). By integrating empirical response functions with climate projections, I develop decision-support tools that identify ecological refugia, forecast pest and natural enemy distributions, and assess future biological control potential under contrasting climate scenarios. The overall objective is to advance climate-informed biological control strategies and strengthen early warning systems for sustainable pest management in Africa and beyond. This seminar will present key findings from these studies and discuss ongoing efforts to develop climate-smart biological control innovations for invasive pests, with particular emphasis on their relevance for global food security under climate change.

Selection for Robustness: When Plateaus are Slippery and Peaks are Safe

Fri, 03 Apr 2026 00:00:00 +0200

Theory predicts that populations should evolve mutational robustness — the ability to maintain a constant phenotype despite mutations. This means that populations are expected to occupy broad, flat plateaus in the fitness landscape, where most mutations are neutral, while populations on narrow peaks are more fragile (’survival of the flattest’). However, selection does not operate on single mutations but on phenotypes resulting from entire replication events, which may entail multiple mutations. We therefore distinguish mutational robustness from replicative robustness, defined as the probability that a replication event produces similarly fit offspring. Mutational and replicative robustness may seem closely aligned at first sight, but we show with an evolutionary simulation model that they can be selected in opposite directions. Our results show that while genomes with high redundancy and/or large amounts of non-coding DNA are mutationally robust, they are replicatively fragile because their size increases the number of mutations per replication. This is especially relevant when genomes are at risk of severe disruption from chromosomal rearrangements. Our results expose limits of the fitness landscape metaphor in the context of robustness evolution: neutral plateaus may be mutationally robust but replicatively unstable and therefore disfavoured by selection, whereas narrow peaks arising from densely encoded genomes can replicate more reliably. Our results identify replicative robustness as a distinct target of selection and show that whether populations persist on plateaus or peaks depends not only on tolerance to individual mutations but also on their overall likelihood of mutating.

Ecological genomics of adaptation of native interactions between Arabidopsis thaliana and its bacterial microbiota

Fri, 03 Apr 2026 00:00:00 +0200

Understanding the role of the host genome in modulating microbiota variation is a need to shed light on the holobiont theory and overcome the current limits on the description of host-microbiota interactions at the genomic and molecular levels. However, the host genetic architecture structuring microbiota is only partly described in plants. In addition, most association genetic studies on microbiota are often carried out outside the native habitats where the host evolves and the identification of signatures of local adaptation on the candidate genes has been overlooked. To fill these gaps and dissect the genetic architecture driving adaptive plant-microbiota interactions, we adopted a genome-environment association (GEA) analysis on 141 whole-genome sequenced natural populations of Arabidopsis thaliana characterized in situ for their leaf and root bacterial communities in fall and spring, and a large range of nonmicrobial ecological factors. A much higher fraction of microbiota variance was explained by the host genetics than by non-microbial ecological factors. Importantly, the polygenic architecture of adaptation to bacterial communities was highly flexible between plant compartments and seasons. Relatedly, signatures of local adaptation were stronger on quantitative trait loci (QTLs) of the root microbiota in spring. Finally, plant immunity appears as a major source of adaptive genetic variation structuring bacterial assemblages in A. thaliana.

50 Frames of Green: Rethinking Message Framing and Behaviour Change for Biodiversity

Wed, 22 Apr 2026 00:00:00 +0200

Over the past decade, conservation has placed growing emphasis on how it communicates, with message framing emerging as a popular strategy for influencing behaviour. From positive narratives to values-based appeals, a wide range of approaches have been proposed. But what do we actually know about how these frames shape engagement with biodiversity? In this talk, I revisit the role of framing in conservation messaging, drawing on case studies and insights from behavioural science to examine how it has been used—and understood—in practice. I highlight key questions that remain unresolved and consider what this means for the future of behaviour change research.

Whiteflies: a symbiosis puzzle

Wed, 08 Apr 2026 00:00:00 +0200

The evolutionary history of whiteflies (Hemiptera: Sternorrhyncha: Aleyrodidae) is linked to their primary endosymbiont, Candidatus Portiera aleyrodidarum, which provides essential amino acids absent in their phloem diet. Yet, this essential relationship is only the tip of the iceberg. Unusual for a primary endosymbiont, the Portiera genome exhibits instability in certain lineages, a phenomenon linked to changes in whitefly development. Moreover, bacteria such as Hamiltonella and Arsenophonus have evolved from facultative to co-primary endosymbionts, compensating for essential functions lost from Portiera and becoming required for host development. This multi-layered system is further supplemented by a dynamic gut microbiota. The generalist herbivore Bemisia tabaci, for example, can acquire and maintain environmental bacteria with the potential to degrade plant defence compounds. This suggests that the gut microbiota may facilitate whitefly adaptation to otherwise unsuitable host plants.

Quantifier le réservoir d’eau du sol extractible par les arbres : une approche écophysiologique

Wed, 22 Apr 2026 00:00:00 +0200

Présentation exceptionnelle avant la finale de MT 180 !

Maïa Grasset, doctorante dans l’équipe Ecophysiologie Végétale d’ESE , est une des finalistes de la finale nationale du concours “Ma thèse en 180 secondes - MT180” qui aura lieu le 28 mai à Lille.

En effet, le 16 avril Maïa a reçu le prix du jury à la finale régionale de MT 180, elle y a été sélectionnée pour représenter l’Ile-de-France et l’Université Paris-Saclay à Lille.

Neuroéthologie du goût chez l’abeille domestique Apis mellifera : du comportement aux circuits neuronaux

Tue, 12 May 2026 00:00:00 +0200

Thèse réalisée sous la co-direction de Jean-Christophe Sandoz et Julie Carcaud, EGCE.

Résumé

Le sens du goût permet aux animaux de s’orienter vers la nourriture saine et d’éviter des substances potentiellement nocives. Chez l’abeille domestique Apis mellifera, insecte social d’une grande importance écologique et économique, la perception gustative joue un rôle essentiel dans la survie de la colonie. Bien qu’A. mellifera constitue depuis longtemps un organisme modèle pour l’étude de l’olfaction et de la vision, son système gustatif est relativement peu étudié, et des lacunes importantes persistent dans notre compréhension des mécanismes de la perception gustative chez cette espèce. Cette thèse de doctorat propose une investigation approfondie de la gustation chez l’abeille, en combinant des approches comportementales et neuroanatomiques. Déterminer les substances qu’A. mellifera préfère ou évite constitue une première étape pour identifier les processus qui sous-tendent ses choix alimentaires. À l’aide d’une adaptation du test multi-capillary feeder (MultiCaFe), nous avons réalisé une évaluation standardisée et détaillée de la perception gustative et des préférences alimentaires chez cette espèce. Seize composés gustatifs appartenant à trois qualités gustatives (i.e., sels, amers et acides aminés) ont été testés à six concentrations différentes. Cette approche a permis d’établir les seuils de réponse pour un large éventail de substances gustatives et de classer ces substances comme phagostimulantes, neutres ou répulsives, en fonction de leur concentration. Dans une seconde étude, nous avons examiné si les abeilles reconnaissent les substances gustatives en fonction de leur qualité gustative (e.g., sucré, salé, amer) ou de leur valeur hédonique (appétitive vs aversive), une question particulièrement intéressante au regard du nombre limité de récepteurs gustatifs identifiés chez cette espèce (seulement 11). Nous avons développé un protocole expérimental d’apprentissage associatif appétitif impliquant des conditionnements absolu et différentiel, dans lequel deux substances de qualités distinctes (un composé amer et un acide aminé), mais présentant une valeur aversive comparable, ont été utilisées. Les résultats montrent une faible généralisation et de bonnes capacités de discrimination, suggérant que la reconnaissance des substances aversives repose principalement sur leur qualité gustative plutôt que sur leur seule valeur hédonique. Ces travaux indiquent également une contribution du système olfactif à l’apprentissage gustatif, soulignant la nature multimodale des comportements alimentaires chez A. mellifera. Enfin, nous avons étudié l’organisation des circuits neuronaux impliqués dans la transmission de l’information gustative dans le cerveau de l’abeille. Par marquage antérograde à l’aide de traceurs fluorescents des principaux appendices gustatifs (i.e., antennes, pièces buccales et tarses), nous avons identifié les zones de projection de leurs afférences sensorielles dans le centre gustatif primaire, la zone suboesophagienne (SEZ). Les résultats révèlent une ségrégation anatomique des entrées sensorielles selon l’appendice d’origine, suggérant une organisation somatotopique des circuits gustatifs. Le tractus suboesophagien-calycal est confirmé comme principale voie de sortie reliant la SEZ aux centres cérébraux supérieurs. Dans l’ensemble, ces travaux de thèse permettent de mieux comprendre les mécanismes comportementaux et neuronaux qui sous-tendent l’évaluation des ressources alimentaires chez A. mellifera. Plus largement, cette thèse contribue à renforcer le statut de l’abeille domestique comme modèle pertinent en neuroéthologie pour étudier le sens du goût et pose des bases solides pour de futures investigations sur le codage gustatif dans le cerveau de l’abeille.

Rôle des micro-organismes dans les flux de gaz à effet de serre provenant des écosystèmes aquatiques affectés par la dégradation du pergélisol dans l'Arctique

Mon, 27 Apr 2026 00:00:00 +0200

Membres de l’encadrement

Mme CHRISTAKI Urania (Pr., ULCO), directrice de thèse
M. JARDILLIER Ludwig (Pr., Université Paris-Saclay), directeur de thèse
Mme BARRET Maialen (MCU, Université de Toulouse), co-encadrante
Mme CABROL Léa (CR, IRD), co-encadrante

Résumé

Le réchauffement climatique, particulièrement marqué aux hautes latitudes, dégrade le pergélisol arctique et subarctique. Dans le territoire du Yukon (Ouest canadien), ce pergélisol riche en glace et en carbone est très vulnérable. Son dégel forme des plans d’eau thermokarstiques et libère de la matière organique que les micro-organismes convertissent en gaz à effet de serre (GES ; ex. CH4, CO2). Bien qu’une partie du CH4 soit consommée par les méthanotrophes, ces plans d’eau constituent de potentiels « points chauds » d’émissions de ce gaz, amplifiant ainsi par une rétroaction positive le réchauffement global. Cette thèse a eu pour objectif de caractériser les communautés procaryotes, d’en identifier les micro-organismes impliqués dans les émissions de CH4 et de quantifier ces émissions. Pour cela, des approches moléculaires, géochimiques et isotopiques ont été appliquées à des échantillons d’eau et de sédiments collectés dans divers plans d’eau du territoire du Yukon lors de deux campagnes d’échantillonnage. Nos résultats montrent que les petits plans d’eau impactés par le dégel partagent des communautés procaryotes similaires, indépendamment de leur dispersion géographique. Malgré une connectivité hydrologique, les communautés des mares restent distinctes de celles des grands lacs avec une faible connectivité microbienne entre ces deux systèmes. Un changement des méthanogènes dominants s’opère le long de ce continuum : Methanobacterium domine les mares, tandis que Methanoregula et Methanosaeta dominent les sédiments lacustres. Ces écosystèmes émettaient du CH4 (méthanogénèse acétoclastique ou méthylotrophe). Toutefois, l’intensité des émissions variait fortement entre les petits plans d’eau, interdisant toute généralisation à grande échelle. Sur le plan méthodologique, un protocole d’extraction d’ADN a été optimisé pour surmonter le colmatage rapide des filtres accompagné d’une rétention faible de biomasse microbienne, problématique rencontrée dans ces écosystèmes aquatiques.

L’évaluation des produits phytopharmaceutiques en France : failles scientifiques et lacunes juridiques

Wed, 26 Nov 2025 00:00:00 +0100

Les facteurs de pression sur la biodiversité sont identifiés. Parmi ceux-ci, les pollutions, dont les pesticides, font l’objet d’une littérature scientifique abondante. Comment les règles juridiques, et plus loin les juges, se saisissent de ces données pour protéger, ou non, les taxons ? L’exemple des contentieux récents sur les pesticides apporte quelques éléments de réponse sur les liens, de plus en plus étroits, entre science et droit.

Why can't we predict traits from the environment? Pondering persistent problems in plant functional ecology

Thu, 12 Feb 2026 00:00:00 +0100

Abstract: Plant functional traits are powerful ecological tools, but the relationships between plant traits and climate (or environmental variables more broadly) are often remarkably weak. This presents a paradox: Plant traits govern plant interactions with their environment, but the environment does not strongly predict the traits of plants living there. Unpacking this paradox requires differentiating the mechanisms of trait variation and potential confounds of trait–environment relationships at different evolutionary and ecological scales ranging from within species to among communities. However, even after we sift through the problems of scale and sampling that plague many of our analyses, we find that trait-environment relationships often remain disappointing. This suggests that we may need to look critically at some of our underlying assumptions in plant functional ecology. In particular, I argue that we need a more integrated understanding of physiological and evolutionary equifinality among many traits and plant strategies, and a better grasp on how supposedly ‘functional’ traits integrate into a whole-organism phenotype in ways that may be largely orthogonal to environmental tolerances.

Modeling gene regulatory network rewiring to understand complex phenotypes

Wed, 26 Nov 2025 00:00:00 +0100

Gene regulatory networks govern how cells translate genomic information into complex phenotypes. Most network modeling approaches estimate condition-specific “aggregate” networks, masking regulatory heterogeneity across individuals and cell types. In this talk, I will present computational frameworks that integrate multi-omics data to progressively refine regulatory network inference, from condition-level models to individual-sample and cell-type–specific networks. Using examples ranging from tissue-specific regulation to cancer progression, I will illustrate how modeling regulatory rewiring reveals mechanisms underlying phenotypic diversity across biological contexts.