Séminaires on IDEEV

Fossé micro–macro dans la recherche sur la spéciation : identifier les processus micro-évolutifs qui expliquent les différences de diversification entre lignées

Pierre VERON, ESE — Thu, 25 Jun 2026 14:00:00 +0200

Thèse réalisée sous la co-direction de Hélène Morlon et Tatiana Giraud.

Résumé

La spéciation est le processus par lequel une espèce donne naissance à deux espèces distinctes. Ce processus est à l’origine de la biodiversité sur Terre. Les estimations phylogénétiques des taux de spéciation ont montré que la fréquence des évènements de spéciation est très variable entre lignées. La spéciation étant la conséquence à large échelle de processus micro-évolutifs, on peut espérer expliquer la variabilité des taux de spéciation par des différences de mécanismes micro-évolutifs.

From drawers to genomes: revealing hidden evolutionary histories in insect collections

Antoine TOURET- Lund University - Sweden — Fri, 19 Jun 2026 12:00:00 +0200

Museum collections have long served as repositories of biodiversity, preserving specimens that document the history of life on Earth. Recent advances in museomics, the application of genomic approaches to historical and archival specimens, have expanded their value beyond traditional taxonomy and systematics. By recovering genomic information from museum specimens, it is now possible to investigate evolutionary relationships, population history, genome evolution, and potentially even aspects of species ecology and biological interactions.

Dynamics of insect pest communities and biological control under a changing climate

Joel SOKAME - ICIPE - Nairobi - Kenya — Fri, 12 Jun 2026 12:00:00 +0200

Climate change is profoundly altering the interactions among crops, insect pests, and their natural enemies, with major implications for agricultural sustainability and food security. My research combines experimental ecology, chemical ecology, and predictive modelling to understand how rising temperature and atmospheric CO₂ reshape insect community dynamics and the effectiveness of biological control. Using controlled phytotron experiments, behavioural assays, and spatial modelling, I investigate the mechanisms through which climate change affects plant–herbivore–parasitoid interactions. My work has shown that climate change can modify host plant quality, alter volatile-mediated communication, and shift the performance and geographical suitability of key parasitoids used in biological control. These insights have been applied to several systems of major agricultural importance, including maize stemborers, fall armyworm, and the invasive tomato leaf miner Phthorimaea absoluta (Meyrick) (Lepidoptera: Gelechiidae) and its parasitoid Dolichogenidea gelechiidivoris (Marsh) (Hymenoptera: Braconidae). By integrating empirical response functions with climate projections, I develop decision-support tools that identify ecological refugia, forecast pest and natural enemy distributions, and assess future biological control potential under contrasting climate scenarios. The overall objective is to advance climate-informed biological control strategies and strengthen early warning systems for sustainable pest management in Africa and beyond. This seminar will present key findings from these studies and discuss ongoing efforts to develop climate-smart biological control innovations for invasive pests, with particular emphasis on their relevance for global food security under climate change.

Selection for Robustness: When Plateaus are Slippery and Peaks are Safe

Juliette Luiselli, KU Leuven, Belgium — Thu, 11 Jun 2026 13:00:00 +0200

Theory predicts that populations should evolve mutational robustness — the ability to maintain a constant phenotype despite mutations. This means that populations are expected to occupy broad, flat plateaus in the fitness landscape, where most mutations are neutral, while populations on narrow peaks are more fragile (’survival of the flattest’). However, selection does not operate on single mutations but on phenotypes resulting from entire replication events, which may entail multiple mutations. We therefore distinguish mutational robustness from replicative robustness, defined as the probability that a replication event produces similarly fit offspring. Mutational and replicative robustness may seem closely aligned at first sight, but we show with an evolutionary simulation model that they can be selected in opposite directions. Our results show that while genomes with high redundancy and/or large amounts of non-coding DNA are mutationally robust, they are replicatively fragile because their size increases the number of mutations per replication. This is especially relevant when genomes are at risk of severe disruption from chromosomal rearrangements. Our results expose limits of the fitness landscape metaphor in the context of robustness evolution: neutral plateaus may be mutationally robust but replicatively unstable and therefore disfavoured by selection, whereas narrow peaks arising from densely encoded genomes can replicate more reliably. Our results identify replicative robustness as a distinct target of selection and show that whether populations persist on plateaus or peaks depends not only on tolerance to individual mutations but also on their overall likelihood of mutating.

Ecological genomics of adaptation of native interactions between Arabidopsis thaliana and its bacterial microbiota

Fabrice Roux, INRAe Toulouse — Fri, 05 Jun 2026 12:00:00 +0200

Understanding the role of the host genome in modulating microbiota variation is a need to shed light on the holobiont theory and overcome the current limits on the description of host-microbiota interactions at the genomic and molecular levels. However, the host genetic architecture structuring microbiota is only partly described in plants. In addition, most association genetic studies on microbiota are often carried out outside the native habitats where the host evolves and the identification of signatures of local adaptation on the candidate genes has been overlooked. To fill these gaps and dissect the genetic architecture driving adaptive plant-microbiota interactions, we adopted a genome-environment association (GEA) analysis on 141 whole-genome sequenced natural populations of Arabidopsis thaliana characterized in situ for their leaf and root bacterial communities in fall and spring, and a large range of nonmicrobial ecological factors. A much higher fraction of microbiota variance was explained by the host genetics than by non-microbial ecological factors. Importantly, the polygenic architecture of adaptation to bacterial communities was highly flexible between plant compartments and seasons. Relatedly, signatures of local adaptation were stronger on quantitative trait loci (QTLs) of the root microbiota in spring. Finally, plant immunity appears as a major source of adaptive genetic variation structuring bacterial assemblages in A. thaliana.

50 Frames of Green: Rethinking Message Framing and Behaviour Change for Biodiversity

Diogo Verissimo, Oxford University, UK — Tue, 02 Jun 2026 12:00:00 +0200

Over the past decade, conservation has placed growing emphasis on how it communicates, with message framing emerging as a popular strategy for influencing behaviour. From positive narratives to values-based appeals, a wide range of approaches have been proposed. But what do we actually know about how these frames shape engagement with biodiversity? In this talk, I revisit the role of framing in conservation messaging, drawing on case studies and insights from behavioural science to examine how it has been used—and understood—in practice. I highlight key questions that remain unresolved and consider what this means for the future of behaviour change research.

Whiteflies: a symbiosis puzzle

Diego SANTOS GARCIA, CBGP UMR1062 INRAe, Montferrier-sur-Lez - FRANCE — Fri, 29 May 2026 12:00:00 +0200

The evolutionary history of whiteflies (Hemiptera: Sternorrhyncha: Aleyrodidae) is linked to their primary endosymbiont, Candidatus Portiera aleyrodidarum, which provides essential amino acids absent in their phloem diet. Yet, this essential relationship is only the tip of the iceberg. Unusual for a primary endosymbiont, the Portiera genome exhibits instability in certain lineages, a phenomenon linked to changes in whitefly development. Moreover, bacteria such as Hamiltonella and Arsenophonus have evolved from facultative to co-primary endosymbionts, compensating for essential functions lost from Portiera and becoming required for host development. This multi-layered system is further supplemented by a dynamic gut microbiota. The generalist herbivore Bemisia tabaci, for example, can acquire and maintain environmental bacteria with the potential to degrade plant defence compounds. This suggests that the gut microbiota may facilitate whitefly adaptation to otherwise unsuitable host plants.

Quantifier le réservoir d’eau du sol extractible par les arbres : une approche écophysiologique

Maïa Grasset, ESE — Fri, 22 May 2026 12:00:00 +0200

Présentation exceptionnelle avant la finale de MT 180 !

Maïa Grasset, doctorante dans l’équipe Ecophysiologie Végétale d’ESE , est une des finalistes de la finale nationale du concours “Ma thèse en 180 secondes - MT180” qui aura lieu le 28 mai à Lille.

En effet, le 16 avril Maïa a reçu le prix du jury à la finale régionale de MT 180, elle y a été sélectionnée pour représenter l’Ile-de-France et l’Université Paris-Saclay à Lille.

Neuroéthologie du goût chez l’abeille domestique Apis mellifera : du comportement aux circuits neuronaux

Melissa PITZALIS, EGCE — Wed, 20 May 2026 14:00:00 +0200

Thèse réalisée sous la co-direction de Jean-Christophe Sandoz et Julie Carcaud, EGCE.

Résumé

Le sens du goût permet aux animaux de s’orienter vers la nourriture saine et d’éviter des substances potentiellement nocives. Chez l’abeille domestique Apis mellifera, insecte social d’une grande importance écologique et économique, la perception gustative joue un rôle essentiel dans la survie de la colonie. Bien qu’A. mellifera constitue depuis longtemps un organisme modèle pour l’étude de l’olfaction et de la vision, son système gustatif est relativement peu étudié, et des lacunes importantes persistent dans notre compréhension des mécanismes de la perception gustative chez cette espèce. Cette thèse de doctorat propose une investigation approfondie de la gustation chez l’abeille, en combinant des approches comportementales et neuroanatomiques. Déterminer les substances qu’A. mellifera préfère ou évite constitue une première étape pour identifier les processus qui sous-tendent ses choix alimentaires. À l’aide d’une adaptation du test multi-capillary feeder (MultiCaFe), nous avons réalisé une évaluation standardisée et détaillée de la perception gustative et des préférences alimentaires chez cette espèce. Seize composés gustatifs appartenant à trois qualités gustatives (i.e., sels, amers et acides aminés) ont été testés à six concentrations différentes. Cette approche a permis d’établir les seuils de réponse pour un large éventail de substances gustatives et de classer ces substances comme phagostimulantes, neutres ou répulsives, en fonction de leur concentration. Dans une seconde étude, nous avons examiné si les abeilles reconnaissent les substances gustatives en fonction de leur qualité gustative (e.g., sucré, salé, amer) ou de leur valeur hédonique (appétitive vs aversive), une question particulièrement intéressante au regard du nombre limité de récepteurs gustatifs identifiés chez cette espèce (seulement 11). Nous avons développé un protocole expérimental d’apprentissage associatif appétitif impliquant des conditionnements absolu et différentiel, dans lequel deux substances de qualités distinctes (un composé amer et un acide aminé), mais présentant une valeur aversive comparable, ont été utilisées. Les résultats montrent une faible généralisation et de bonnes capacités de discrimination, suggérant que la reconnaissance des substances aversives repose principalement sur leur qualité gustative plutôt que sur leur seule valeur hédonique. Ces travaux indiquent également une contribution du système olfactif à l’apprentissage gustatif, soulignant la nature multimodale des comportements alimentaires chez A. mellifera. Enfin, nous avons étudié l’organisation des circuits neuronaux impliqués dans la transmission de l’information gustative dans le cerveau de l’abeille. Par marquage antérograde à l’aide de traceurs fluorescents des principaux appendices gustatifs (i.e., antennes, pièces buccales et tarses), nous avons identifié les zones de projection de leurs afférences sensorielles dans le centre gustatif primaire, la zone suboesophagienne (SEZ). Les résultats révèlent une ségrégation anatomique des entrées sensorielles selon l’appendice d’origine, suggérant une organisation somatotopique des circuits gustatifs. Le tractus suboesophagien-calycal est confirmé comme principale voie de sortie reliant la SEZ aux centres cérébraux supérieurs. Dans l’ensemble, ces travaux de thèse permettent de mieux comprendre les mécanismes comportementaux et neuronaux qui sous-tendent l’évaluation des ressources alimentaires chez A. mellifera. Plus largement, cette thèse contribue à renforcer le statut de l’abeille domestique comme modèle pertinent en neuroéthologie pour étudier le sens du goût et pose des bases solides pour de futures investigations sur le codage gustatif dans le cerveau de l’abeille.

Rôle des micro-organismes dans les flux de gaz à effet de serre provenant des écosystèmes aquatiques affectés par la dégradation du pergélisol dans l'Arctique

Arthur Szylit, ESE — Mon, 04 May 2026 14:00:00 +0200

Membres de l’encadrement

Mme CHRISTAKI Urania (Pr., ULCO), directrice de thèse
M. JARDILLIER Ludwig (Pr., Université Paris-Saclay), directeur de thèse
Mme BARRET Maialen (MCU, Université de Toulouse), co-encadrante
Mme CABROL Léa (CR, IRD), co-encadrante

Résumé

Le réchauffement climatique, particulièrement marqué aux hautes latitudes, dégrade le pergélisol arctique et subarctique. Dans le territoire du Yukon (Ouest canadien), ce pergélisol riche en glace et en carbone est très vulnérable. Son dégel forme des plans d’eau thermokarstiques et libère de la matière organique que les micro-organismes convertissent en gaz à effet de serre (GES ; ex. CH4, CO2). Bien qu’une partie du CH4 soit consommée par les méthanotrophes, ces plans d’eau constituent de potentiels « points chauds » d’émissions de ce gaz, amplifiant ainsi par une rétroaction positive le réchauffement global. Cette thèse a eu pour objectif de caractériser les communautés procaryotes, d’en identifier les micro-organismes impliqués dans les émissions de CH4 et de quantifier ces émissions. Pour cela, des approches moléculaires, géochimiques et isotopiques ont été appliquées à des échantillons d’eau et de sédiments collectés dans divers plans d’eau du territoire du Yukon lors de deux campagnes d’échantillonnage. Nos résultats montrent que les petits plans d’eau impactés par le dégel partagent des communautés procaryotes similaires, indépendamment de leur dispersion géographique. Malgré une connectivité hydrologique, les communautés des mares restent distinctes de celles des grands lacs avec une faible connectivité microbienne entre ces deux systèmes. Un changement des méthanogènes dominants s’opère le long de ce continuum : Methanobacterium domine les mares, tandis que Methanoregula et Methanosaeta dominent les sédiments lacustres. Ces écosystèmes émettaient du CH4 (méthanogénèse acétoclastique ou méthylotrophe). Toutefois, l’intensité des émissions variait fortement entre les petits plans d’eau, interdisant toute généralisation à grande échelle. Sur le plan méthodologique, un protocole d’extraction d’ADN a été optimisé pour surmonter le colmatage rapide des filtres accompagné d’une rétention faible de biomasse microbienne, problématique rencontrée dans ces écosystèmes aquatiques.

L’évaluation des produits phytopharmaceutiques en France : failles scientifiques et lacunes juridiques

Fri, 17 Apr 2026 13:30:00 +0200

Les facteurs de pression sur la biodiversité sont identifiés. Parmi ceux-ci, les pollutions, dont les pesticides, font l’objet d’une littérature scientifique abondante. Comment les règles juridiques, et plus loin les juges, se saisissent de ces données pour protéger, ou non, les taxons ? L’exemple des contentieux récents sur les pesticides apporte quelques éléments de réponse sur les liens, de plus en plus étroits, entre science et droit.

Why can't we predict traits from the environment? Pondering persistent problems in plant functional ecology

Leander Anderegg, University of California Santa Barbara, USA — Fri, 27 Mar 2026 12:00:00 +0100

Abstract: Plant functional traits are powerful ecological tools, but the relationships between plant traits and climate (or environmental variables more broadly) are often remarkably weak. This presents a paradox: Plant traits govern plant interactions with their environment, but the environment does not strongly predict the traits of plants living there. Unpacking this paradox requires differentiating the mechanisms of trait variation and potential confounds of trait–environment relationships at different evolutionary and ecological scales ranging from within species to among communities. However, even after we sift through the problems of scale and sampling that plague many of our analyses, we find that trait-environment relationships often remain disappointing. This suggests that we may need to look critically at some of our underlying assumptions in plant functional ecology. In particular, I argue that we need a more integrated understanding of physiological and evolutionary equifinality among many traits and plant strategies, and a better grasp on how supposedly ‘functional’ traits integrate into a whole-organism phenotype in ways that may be largely orthogonal to environmental tolerances.

Modeling gene regulatory network rewiring to understand complex phenotypes

Mariike Kuijjer, University of Helsinki, Finland — Fri, 20 Mar 2026 12:00:00 +0100

Gene regulatory networks govern how cells translate genomic information into complex phenotypes. Most network modeling approaches estimate condition-specific “aggregate” networks, masking regulatory heterogeneity across individuals and cell types. In this talk, I will present computational frameworks that integrate multi-omics data to progressively refine regulatory network inference, from condition-level models to individual-sample and cell-type–specific networks. Using examples ranging from tissue-specific regulation to cancer progression, I will illustrate how modeling regulatory rewiring reveals mechanisms underlying phenotypic diversity across biological contexts.

Identification de sources d'adaptation au changement climatique dans les variétés populations de maïs génotypées en pool grâce à des approches d'écogénétique et de prédiction génomique

Agustin O. Galaretto, GQE-Le Moulon — Tue, 17 Mar 2026 14:00:00 +0100

Thèse dirigée par Stéphane Nicolas (chargé de recherche, GQE-Le Moulon) et co-encadrée par Alain Charcosset (directeur de recherche, GQE-Le Moulon) et Brigitte Gouesnard (chargée de recherche, AGAP).

Résumé de la thèse

Pour répondre aux besoins alimentaires futurs, l’agriculture doit s’adapter afin de faire face aux défis du changement climatique tout en réduisant son impact environnemental. Les collections de populations locales de maïs conservées dans les banques de gènes constituent une source prometteuse d’allèles bénéfiques pour la tolérance aux stress abiotiques et biotiques, car elles ont une grande diversité génétique et sont adaptées à une large gamme d’environnements. Toutefois, leur utilisation dans les programmes de sélection modernes est freinée par leur manque de caractérisation, dû à leur grande diversité génétique intra-populationnelle.

Compensatory evolution of proteins under episodes of GC-biased gene conversion

Marie Riffis, GQE-Le Moulon — Fri, 13 Mar 2026 12:00:00 +0100

GC-biased gene conversion (gBGC) is a DNA repair mechanism biased towards GC associated with meiotic recombination, which acts as a segregation distorter by favouring the transmission of GC alleles. gBGC has been the subject of numerous studies, which have demonstrated its presence in many eukaryotes and its effect on variations in GC content across genomes. In particular, gBGC can be deleterious by promoting the fixation of mutations towards GC independently of their fitness effect. In many mammals, gBGC is transient because recombination hotspots are unstable over time. However, an aspect that has hardly been studied is the response of proteins to these transient deleterious effects : does compensatory evolution of proteins occur following gBGC episodes ? I will present the results of my thesis (carried out at ISEM, Montpellier), which explored this question empirically through a phylogenetic approach applied to five mammalian groups, and also theoretically through simulations using Fisher’s Geometrical Model.

Étendue et nature de l’isolement reproducteur entre formes sauvages et domestiques : une approche comparative chez 14 systèmes végétaux

Arthur WOJCIK, GQE-Le Moulon — Thu, 12 Mar 2026 14:00:00 +0100

Thèse dirigée par Maud Tenaillon (GQE-Le Moulon) et co-encadrée par Catherine Dogimont (GAFL, Avignon).

Résumé

La domestication est un processus évolutif récent de sélection divergente entre des formes sauvages, soumises à la sélection naturelle dans leurs habitats d’origine, et des formes domestiquées, façonnées par une combinaison de sélection naturelle et humaine et adaptées à des environnements anthropisés. Elle constitue un modèle pour étudier les mécanismes adaptatifs à l’origine du syndrome de domestication, c’est-à-dire l’ensemble des caractères distinguant les formes domestiquées des formes sauvages dont elles dérivent. Un aspect encore peu étudié est l’isolement reproductif entre formes sauvages et domestiques, favorisé par la contre-sélection des hybrides dans chaque environnement.

Information Stand Up For Science

Maëla Sémery — Fri, 06 Mar 2026 12:00:00 +0100

Plus que jamais, la défense de la démarche scientifique et des libertés académiques est essentielle pour nos démocraties.

Venez en discuter lors de la conférence-débat du vendredi 6 mars 2026 de 12h à 13h dans la salle Rosalind Franklin (rdc IDEEV, 12 route 128, Gif-sur-Yvette).

Cet évènement est organisé par la branche Paris-sud de Stand Up For Science ( https://standupforscience.fr/) . Pour nous rejoindre, vous pouvez vous inscrire sur notre liste de diffusion sur : https://groupes.renater.fr/sympa/info/standupforscience-paris-saclay

More Than Mating: Same-Sex Sex in Primate Evolution

Vincent Savolainen, Imperial College à Londres, Royaume-Uni — Fri, 13 Feb 2026 12:00:00 +0100

Same-sex sexual behaviour (SSB) is widespread in animals, yet it seems to contradict simple ideas of natural selection because it does not directly produce offspring. Its persistence across species has long puzzled evolutionary biologists. In humans, SSB has a genetic component and appears across cultures and history, but studying its biology is difficult due to stigma, self-reporting bias, and contraception. To avoid these limits, we studied free-ranging rhesus macaques on Cayo Santiago, Puerto Rico.

Projection du film Ballet Boreal

S. Roturier, ESE — Fri, 06 Feb 2026 12:00:00 +0100

Projection du film documentaire « Ballet boréal » de Simon Maraud et Thomas Grandremy (42 min, Tonnerre de l’Ouest & AgroParisTech). D’après une idée originale de Samuel Roturier, maître de conférence, laboratoire ESE

Originaires de Thaïlande, les cueilleurs saisonniers du Chaiyaphum viennent par milliers tous les étés pour arpenter les forêts suédoises à la recherche de baies sauvages. Main d’œuvre bon marché d’une filière globalisée, ils sont au cœur autant qu’à la marge du capitalisme contemporain. Leur itinéraire croise un surprenant guide, cueilleur amateur à la fois libre et mélancolique.

De l’élaboration des lois de la transition écologique

Fri, 30 Jan 2026 12:30:00 +0100

Un rapport de la mission d’information de la commission du développement durable et de l’aménagement du territoire de l’Assemblée Nationale sur l’adaptation de l’aménagement des territoires aux changements climatiques

Intervention de Frédéric Barusseau, député de la troisième circonscription de Charentes Maritimes

Vendredi 30 janvier de 12h30 à 14h

Les conséquences des crises climatiques et de l’effondrement de la biodiversité s’expriment partout dans le monde. Dans ce contexte, l’État français fait face à des coûts financiers croissants. Le Haut conseil pour le climat formule en France des propositions pour la mise en œuvre de la transition écologique. Pour ce faire, les politiques publiques doivent s’appuyer sur une évolution des textes de loi. Au cours de cette conférence, retransmise dans les universités françaises, le député Fabrice Barusseau présentera le travail de la mission d’information de l’Assemblée Nationale avec ses 100 propositions, déclinées en lois, décrets, arrêtés, circulaires, lettres de mission, bonnes pratiques, etc. Cette conférence vise à faire des liens entre le travail des scientifiques et celui des députés, mais aussi avec celui de la société civile, notamment grâce aux étudiantes et étudiants de nos universités. L’objectif est de contribuer à faire émerger des conditions favorables à la mise en œuvre de la transition écologique.

Décroiscience. Les limites à l’accumulation du savoir dans un monde fini

Nicolas Chevassus-au-Louis — Fri, 30 Jan 2026 11:00:00 +0100

Les politiques de décroissance se fixent comme objectif premier la réduction de l’empreinte environnementale de l’activité économique, et non l’augmentation du PIB. Elles sont de plus en plus reconnues, y compris par le GIEC, comme une perspective réaliste, peut-être la seule, pour maintenir le réchauffement en dessous de +2°C. Penser une société décroissante pose plusieurs difficultés, notamment la place et le rôle de la recherche scientifique. Depuis la fin des années 1980, cette dernière est explicitement mise au service de la croissance économique, à travers la thématique de l’innovation. De plus, l’activité de recherche est elle-même émettrice de gaz à effet de serre, dans une proportion environ dix fois supérieure à ce qu’imposerait la prise au sérieux des objectifs de Paris. Il s’en suit la conclusion logique que la recherche scientifique doit elle aussi décroître. Que faut-il interdire ? Arrêter ? Réduire ? Conserver ?

Bending the curve for freshwater biodiversity

Steven J. Cooke, Carleton University, Canada — Tue, 27 Jan 2026 12:00:00 +0100

By all accounts, freshwater biodiversity is in crisis and the status quo is failing to halt populations declines or habitat loss. For this seminar I will focus on what is needed to rebuild populations and restore freshwater ecosystems for the benefit of people and nature. I include a candid assessment of the quality of evidence associated with common conservation actions and identify what scientists can do to support conservation practitioners with their important work.

A new type of sex determinant found in a woodlouse

Fri, 23 Jan 2026 12:00:00 +0100

In animals, sex can be determined by environmental or chromosomal factors, or by maternally inherited microorganisms that feminize their hosts, thereby enhancing their transmission rates. These so-called feminizing symbionts comprise Wolbachia bacteria infecting woodlice (terrestrial isopods). In these species, females infected by feminizing bacteria carry male sex chromosomes. The transmission rate of the symbiont therefore governs sex ratios.

In the woodlouse Armadillidium arcangelii however, strong sex-ratio biases observed in certain populations are not due to a known microbe. Females producing biased sexe-ratios are not only identical to males in their genome, they are also indistinguishable from “regular” females in their microbiome. Investigating sex determination in these populations allowed us to uncovered a new type of heritable sex determinant.

Songs, booms, and chorus... Bioacoustic studies of communication and interrelations in some bird species

Fri, 09 Jan 2026 12:00:00 +0100

All environments, either terrestrial or aquatic, all ecosystems, are full of sounds. Some of these sounds are acoustic signals: some of their physical parameters encode information. Acoustic signals are exchanged between individuals in a communication context, and contribute to the achievement of many vital functions, in multiple species of Vertebrates and Arthropods. Exploring the diversity of produced signals, the information they support, how they are perceived, decoded, and interpreted, and how they participate to the life and to the interrelationships of animals is the goal of bioacoustics. Birds, who constitute 1/5 of vertebrate species, are highly vocal, and their vocalisations constitute a very significant part of biophony in soundscapes. As an associate professor in bioacoustics and ethology, I was involved in several research projects of acoustic communication in birds. To explore and understand what birds say, how and why they say it, will be the subject of the talk, through the study of singular sound systems of different bird species. Specifically, I will talk about birdsong and the coding-decoding systems of information, related to its territorial defence function, about how acoustic signals participate to communication in a reproductive context studied in a target species producing very low frequency booms, and at the scale of group living, I will present how signals allow inter and intra group communication, studied in a target species producing chorus.

A network approach to investigate horizontal transfer across various bacterial mobile genetic elements

Héloïse Muller, IBENS, Paris — Fri, 19 Dec 2025 12:00:00 +0100

In bacteria, genetic material is carried by different molecular vehicles – one or few self-replicating chromosomes and a diverse array of mobile genetic elements (MGEs), such as phages, plasmids, transposons, and cassettes. MGEs are genetic agents that are capable of capturing DNA segments and moving them within and between cells. The clonal nature of bacteria is therefore disrupted by MGEs through horizontal transfer (HT). Hence, studying individual MGEs as independently evolving elements, rather than considering all MGEs as a homogenous consortium present inside a bacterium, will bring important insight to how MGEs contribute to the genetic diversity in populations.

Domestication et diversification des arbres fruitiers pérennes : aperçu du genre Pyrus (Pyrus L.) par l'utilisation des outils de génomique des populations

Yuqi NIE, GQE-Le Moulon — Tue, 16 Dec 2025 14:00:00 +0100

Important : changement de lieu

Thèse dirigée par Madame Amandine CORNILLE et Madame Karine ALIX.

Mots-clés : Évolution, domestication, adaptation, génomique, culture pérenne, éléments transposables

Résumé

Les arbres fruitiers pérennes offrent des opportunités uniques pour explorer comment les espèces allogames à longue durée de vie ont évolué et répondent à la sélection humaine. Pourtant, leur histoire de domestication reste bien moins connue que celle des espèces annuelles. Cette thèse de doctorat étudie les processus démographiques et adaptatifs qui ont façonné la domestication des poiriers (Pyrus spp.) et met en lumière le rôle jusqu’ici négligé des éléments transposables (ET) dans l’évolution des espèces pérennes. Dans le chapitre I, j’ai analysé des données de reséquençage de génomes entiers à haute couverture provenant de 396 accessions de poiriers sauvages et cultivés, représentant des lignées occidentales et orientales. La modélisation démographique a révélé des goulots d’étranglement de domestication faibles, voire inexistants, et des flux de gènes importants entre les populations sauvages et cultivées. Les poiriers d’origine occidentale de dessert et à poiré (P. communis) sont issus de domestications indépendantes à partir de P. pyraster, tandis que les poiriers d’origine orientale (P. pyrifolia) ont subi des domestications distinctes en Chine et au Japon. Des analyses de sélection ont permis d’identifier des signatures spécifiques à la lignée et à l’usage, associées à la texture des fruits, au métabolisme et à l’immunité. Contrairement à l’hypothèse classique du « coût de la domestication», les poiriers cultivés présentent moins de variants délétères que leurs apparentées sauvages, probablement grâce à une élimination efficace par sélection et introgression. Les insertions d’éléments transposables reflètent la structure des populations et sont parfois colocalisées avec des gènes candidats soumis à sélection, suggérant une contribution modeste mais mesurable à l’évolution adaptative. Au chapitre II, j’ai examiné comment la biologie des plantes ligneuses vivaces à propagation clonale — caractérisées par une longue durée de vie, des systèmes d’allogamie et une reproduction végétative — a façonné leur paysage génomique. Nous montrons ici que les éléments transposables (ET), longtemps considérés comme des parasites génomiques, agissent comme des agents dynamiques d’innovation chez les cultures pérennes, influençant leur évolution structurale, régulatrice et adaptative. L’intégration de la génomique des populations d’ET aux analyses démographiques et de l’impact de la sélection offre un cadre puissant pour comprendre comment les génomes des plantes pérennes évoluent sous l’effet de la domestication et des pressions environnementales. Ce travail contribue à une meilleure compréhension de la domestication des plantes pérennes, démontrant que des interactions complexes entre la démographie (incluant le flux de gènes et la dérive génétique) et la variation induite par les ET ont façonné des événements évolutifs indépendants chez le poirier. Il souligne la nécessité d’intégrer les ET aux études de génomique des populations de plantes pérennes pour appréhender pleinement les mécanismes qui sous-tendent leur adaptation et leur résilience face aux changements globaux.

An eco-evolutionary approach to processes acting in metacommunity dynamics - Examples from freshwater snails in the Lesser Antilles

Philippe Jarne, Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive - CEFE, Montpellier — Fri, 12 Dec 2025 12:00:00 +0100

Eco-evolutionary approaches have gained considerable momentum in the study of biodiversity dynamics over the past two decades. After a brief historical overview, I will consider the different types of rapprochements between ecology and evolution that can lead to a genuine eco-evolutionary articulation, while proposing a general operational framework. I will illustrate how such an approach can be put into practice to refine our understanding of metacommunity dynamics, based on a study of invasive snail communities in Martinique. Two parthenogenetic species, each consisting of a set of clones, have invaded this island over the past three to four decades. Coexistence within the metacommunity (180 sites monitored over the long term) involves both intraspecific and interspecific competition, differential interactions with the environment, variable sensitivity to predation (by crayfish), and (possibly) differential use of food resources (biofilm). This study is part of a larger project that will be discussed in the conclusion.

La relation génotype-phénotype: des approches réductionnistes aux approches holistiques basées sur la protéomique

Mélisande BLEIN-NICOLAS, GQE-Le Moulon — Thu, 04 Dec 2025 13:00:00 +0100

Résumé

L’étude de la relation génotype-phénotype vise à comprendre comment des variations génétiques entre individus se traduisent en différences observables au niveau des caractères phénotypiques. Cette relation est particulièrement complexe car elle fait intervenir différents niveaux d’organisation moléculaires étroitement interconnectés et soumis à de multiples facteurs. Depuis le début de ma carrière, je m’attache à comprendre comment se construit la relation génotype-phénotype, en particulier chez les plantes cultivées.

Dans un premier temps, j’ai abordé cette question à travers l’étude des mécanismes de l’immunité chez les céréales, en mobilisant des approches de biologie moléculaire. Mon arrivée sur la plateforme de protéomique PAPPSO, en 2010, m’a ensuite amenée à m’orienter vers des approches plus holistiques, reposant notamment sur l’intégration de données multi-omiques. Mes travaux, menés dans un cadre collaboratif et pluri-disciplinaire, ont ainsi contribué à mieux comprendre les manifestations de l’hétérosis chez la levure et les bases génétiques et moléculaires de la réponse à la sécheresse chez le maïs. En parallèle, j’ai également contribué à des développements méthodologiques dans le domaine de la protéomique, dans l’objectif d’améliorer le traitement des données et de pouvoir mettre en oeuvre de nouvelles approches pour l’étude de la relation génotype-phénotype.

Estimation et sélection de variables dans les modèles mixtes et joints pour données longitudinales et de survie. Application à la modélisation conjointe des dates d’attaque du maïs par la pyrale et des défenses au cours du développement de la plante

Antoine CAILLEBOTTE, GQE-Le Moulon — Mon, 01 Dec 2025 10:00:00 +0100

La soutenance aura lieu à : Institut de Mathématique d’Orsay - 307 Rue Michel Magat, Bâtiment 307, 91400 Orsay, salle 3L8

Thèse dirigée par Estelle Kuhn, Sarah Lemler et Judith Legrand.

Résumé

La compréhension des interactions entre des phénomènes dynamiques dépendants est essentielle pour l’étude de population complexe d’individus. Les données longitudinales, mesures répétées au cours du temps, et les données de survie, mesures de temps jusqu’à un événement d’intérêt, sont deux types de données souvent recueillies en sciences du vivant, particulièrement en médecine ou en science végétale. Par ailleurs, des données de grande dimension en lien avec ces mesures sont de plus en plus souvent disponibles. Les modéliser conjointement est le sujet de cette thèse. D’une part, la modélisation à effets mixtes permet d’expliquer et d’interpréter les différences de variabilités que l’on peut avoir dans les données longitudinales, en utilisant des effets fixes communs à toute la population et des effets aléatoires variables d’un individu à l’autre dans la population. D’autre part, la durée entre un instant initial et la survenue d’un événement d’intérêt est modélisée par les modèles de survie. Un modèle joint combine un modèle à effets mixtes pour des données longitudinales et un modèle de survie pour des mesures de temps via une fonction de lien. Ces modèles utilisent également des covariables pour décrire les variabilités entre les individus d’une population. Ces covariables sont des caractéristiques mesurées, spécifiques aux individus ou à des groupes d’individus. Le nombre de ces dernières peut dépasser celui du nombre d’individus. Dans ce contexte de grande dimension, identifier les covariables à modéliser est une tache statistique difficile. En particulier, la sélection des variables pertinentes est d’autant plus complexe en présence de variables latentes non observées et dans le cas de modèles non linéaires. La première contribution de cette thèse porte sur une méthode d’estimation des modèles joints associant un modèle non linéaire à effets mixtes et un modèle de survie. L’approche proposée est fondée sur le maximum de vraisemblance et permet de s’affranchir des hypothèses classiques, en particulier l’appartenance du modèle à la famille exponentielle qui n’est pas satisfaite structurellement. Nous proposons une nouvelle méthode d’estimation des paramètres du modèle joint sans faire cette hypothèse via un algorithme de descente de gradient stochastique préconditionné. Nous étudions et comparons ses performances via une étude de simulation. La seconde contribution de ce travail de thèse se situe aux interfaces avec la biologie et consiste à analyser via un modèle joint un jeu de données réel pour mieux comprendre le lien entre le développement du maïs et les attaques du maïs par la pyrale. La procédure d’estimation du modèle joint proposée dans la première contribution a été mise en œuvre. Cette application ouvre des perspectives de recherche afin de répondre plus en détail à la question biologique complexe. La troisième contribution porte sur la sélection de variables dans les modèles non linéaires à effets mixtes en grande dimension. Nous proposons une approche basée sur l’estimation par maximum de vraisemblance régularisée avec une pénalisation l1. Nous sélectionnons les variables pertinentes via un critère de choix de modèle de type eBIC et calculons en pratique cet estimateur via un algorithme de descente de gradient stochastique combiné à un opérateur proximal pondéré. Nous étudions et comparons les performances de la méthode proposée via une étude de simulation. La quatrième contribution porte sur la sélection de variables dans les modèles joints. La procédure proposée pour les modèles à effets mixtes a été étendue au cadre du modèle joint intégrant des covariables de grande dimension dans le risque de survie. Nous étudions les performances via une étude de simulation qui démontre la capacité de la méthode proposée à estimer et à sélectionner les covariables pertinentes dans différents modèles complexes.

Establishment, maintenance and consequences of inter-individual transcriptional variability for a gene involved in nitrate nutrition in plants

Sandra Cortijo Institute for Plant Sciences of Montpellier (IPSiM) — Fri, 28 Nov 2025 12:00:00 +0100

Surprisingly, differences in phenotypes and gene expression are observed between genetically identical individuals grown in the same environment. While we now have a good knowledge of the source and consequences of transcriptional differences observed between cells, in particular for unicellular organisms, it is still very scarce when it comes to variability between multicellular organisms. Using plants as a model we analysed the establishment, maintenance and consequences of inter-individual transcriptional variability. We showed, for a gene of interest, that differences in expression between plants are established in young seedlings and maintained over several days. Our results also indicate that these differences in expression can explain phenotypic variability between plants such as for the root growth. Finally, using a genome-wide approach, we found a co-expression in seedlings for our gene of interest, involved in nitrate nutrition, and genes involved in photosynthesis. All in all, our study suggests that a global coordination of the genes involved in the carbon/nitrate balance in plants is established in young seedlings, with differences between plants, and then maintained over time.