Séminaires on IDEEV

L’évaluation des produits phytopharmaceutiques en France” : failles scientifiques et lacunes juridiques

Fri, 17 Apr 2026 12:00:00 +0200

Why can't we predict traits from the environment? Pondering persistent problems in plant functional ecology

Leander Anderegg, University of California Santa Barbara, USA — Fri, 27 Mar 2026 12:00:00 +0100

Abstract: Plant functional traits are powerful ecological tools, but the relationships between plant traits and climate (or environmental variables more broadly) are often remarkably weak. This presents a paradox: Plant traits govern plant interactions with their environment, but the environment does not strongly predict the traits of plants living there. Unpacking this paradox requires differentiating the mechanisms of trait variation and potential confounds of trait–environment relationships at different evolutionary and ecological scales ranging from within species to among communities. However, even after we sift through the problems of scale and sampling that plague many of our analyses, we find that trait-environment relationships often remain disappointing. This suggests that we may need to look critically at some of our underlying assumptions in plant functional ecology. In particular, I argue that we need a more integrated understanding of physiological and evolutionary equifinality among many traits and plant strategies, and a better grasp on how supposedly ‘functional’ traits integrate into a whole-organism phenotype in ways that may be largely orthogonal to environmental tolerances.

Modeling gene regulatory network rewiring to understand complex phenotypes

Mariike Kuijjer, University of Helsinki, Finland — Fri, 20 Mar 2026 12:00:00 +0100

Gene regulatory networks govern how cells translate genomic information into complex phenotypes. Most network modeling approaches estimate condition-specific “aggregate” networks, masking regulatory heterogeneity across individuals and cell types. In this talk, I will present computational frameworks that integrate multi-omics data to progressively refine regulatory network inference, from condition-level models to individual-sample and cell-type–specific networks. Using examples ranging from tissue-specific regulation to cancer progression, I will illustrate how modeling regulatory rewiring reveals mechanisms underlying phenotypic diversity across biological contexts.

Identification de sources d'adaptation au changement climatique dans les variétés populations de maïs génotypées en pool grâce à des approches d'écogénétique et de prédiction génomique

Agustin O. Galaretto, GQE-Le Moulon — Tue, 17 Mar 2026 14:00:00 +0100

Thèse dirigée par Stéphane Nicolas (chargé de recherche, GQE-Le Moulon) et co-encadrée par Alain Charcosset (directeur de recherche, GQE-Le Moulon) et Brigitte Gouesnard (chargée de recherche, AGAP).

Résumé de la thèse

Pour répondre aux besoins alimentaires futurs, l’agriculture doit s’adapter afin de faire face aux défis du changement climatique tout en réduisant son impact environnemental. Les collections de populations locales de maïs conservées dans les banques de gènes constituent une source prometteuse d’allèles bénéfiques pour la tolérance aux stress abiotiques et biotiques, car elles ont une grande diversité génétique et sont adaptées à une large gamme d’environnements. Toutefois, leur utilisation dans les programmes de sélection modernes est freinée par leur manque de caractérisation, dû à leur grande diversité génétique intra-populationnelle.

Compensatory evolution of proteins under episodes of GC-biased gene conversion

Marie Riffis, GQE-Le Moulon — Fri, 13 Mar 2026 12:00:00 +0100

GC-biased gene conversion (gBGC) is a DNA repair mechanism biased towards GC associated with meiotic recombination, which acts as a segregation distorter by favouring the transmission of GC alleles. gBGC has been the subject of numerous studies, which have demonstrated its presence in many eukaryotes and its effect on variations in GC content across genomes. In particular, gBGC can be deleterious by promoting the fixation of mutations towards GC independently of their fitness effect. In many mammals, gBGC is transient because recombination hotspots are unstable over time. However, an aspect that has hardly been studied is the response of proteins to these transient deleterious effects : does compensatory evolution of proteins occur following gBGC episodes ? I will present the results of my thesis (carried out at ISEM, Montpellier), which explored this question empirically through a phylogenetic approach applied to five mammalian groups, and also theoretically through simulations using Fisher’s Geometrical Model.

Étendue et nature de l’isolement reproducteur entre formes sauvages et domestiques : une approche comparative chez 14 systèmes végétaux

Arthur WOJCIK, GQE-Le Moulon — Thu, 12 Mar 2026 14:00:00 +0100

Thèse dirigée par Maud Tenaillon (GQE-Le Moulon) et co-encadrée par Catherine Dogimont (GAFL, Avignon).

Résumé

La domestication est un processus évolutif récent de sélection divergente entre des formes sauvages, soumises à la sélection naturelle dans leurs habitats d’origine, et des formes domestiquées, façonnées par une combinaison de sélection naturelle et humaine et adaptées à des environnements anthropisés. Elle constitue un modèle pour étudier les mécanismes adaptatifs à l’origine du syndrome de domestication, c’est-à-dire l’ensemble des caractères distinguant les formes domestiquées des formes sauvages dont elles dérivent. Un aspect encore peu étudié est l’isolement reproductif entre formes sauvages et domestiques, favorisé par la contre-sélection des hybrides dans chaque environnement.

Information Stand Up For Science

Maëla Sémery — Fri, 06 Mar 2026 12:00:00 +0100

Plus que jamais, la défense de la démarche scientifique et des libertés académiques est essentielle pour nos démocraties.

Venez en discuter lors de la conférence-débat du vendredi 6 mars 2026 de 12h à 13h dans la salle Rosalind Franklin (rdc IDEEV, 12 route 128, Gif-sur-Yvette).

Cet évènement est organisé par la branche Paris-sud de Stand Up For Science ( https://standupforscience.fr/) . Pour nous rejoindre, vous pouvez vous inscrire sur notre liste de diffusion sur : https://groupes.renater.fr/sympa/info/standupforscience-paris-saclay

More Than Mating: Same-Sex Sex in Primate Evolution

Vincent Savolainen, Imperial College à Londres, Royaume-Uni — Fri, 13 Feb 2026 12:00:00 +0100

Same-sex sexual behaviour (SSB) is widespread in animals, yet it seems to contradict simple ideas of natural selection because it does not directly produce offspring. Its persistence across species has long puzzled evolutionary biologists. In humans, SSB has a genetic component and appears across cultures and history, but studying its biology is difficult due to stigma, self-reporting bias, and contraception. To avoid these limits, we studied free-ranging rhesus macaques on Cayo Santiago, Puerto Rico.

Projection du film Ballet Boreal

S. Roturier, ESE — Fri, 06 Feb 2026 12:00:00 +0100

Projection du film documentaire « Ballet boréal » de Simon Maraud et Thomas Grandremy (42 min, Tonnerre de l’Ouest & AgroParisTech). D’après une idée originale de Samuel Roturier, maître de conférence, laboratoire ESE

Originaires de Thaïlande, les cueilleurs saisonniers du Chaiyaphum viennent par milliers tous les étés pour arpenter les forêts suédoises à la recherche de baies sauvages. Main d’œuvre bon marché d’une filière globalisée, ils sont au cœur autant qu’à la marge du capitalisme contemporain. Leur itinéraire croise un surprenant guide, cueilleur amateur à la fois libre et mélancolique.

De l’élaboration des lois de la transition écologique

Fri, 30 Jan 2026 12:30:00 +0100

Un rapport de la mission d’information de la commission du développement durable et de l’aménagement du territoire de l’Assemblée Nationale sur l’adaptation de l’aménagement des territoires aux changements climatiques

Intervention de Frédéric Barusseau, député de la troisième circonscription de Charentes Maritimes

Vendredi 30 janvier de 12h30 à 14h

Les conséquences des crises climatiques et de l’effondrement de la biodiversité s’expriment partout dans le monde. Dans ce contexte, l’État français fait face à des coûts financiers croissants. Le Haut conseil pour le climat formule en France des propositions pour la mise en œuvre de la transition écologique. Pour ce faire, les politiques publiques doivent s’appuyer sur une évolution des textes de loi. Au cours de cette conférence, retransmise dans les universités françaises, le député Fabrice Barusseau présentera le travail de la mission d’information de l’Assemblée Nationale avec ses 100 propositions, déclinées en lois, décrets, arrêtés, circulaires, lettres de mission, bonnes pratiques, etc. Cette conférence vise à faire des liens entre le travail des scientifiques et celui des députés, mais aussi avec celui de la société civile, notamment grâce aux étudiantes et étudiants de nos universités. L’objectif est de contribuer à faire émerger des conditions favorables à la mise en œuvre de la transition écologique.

Décroiscience. Les limites à l’accumulation du savoir dans un monde fini

Nicolas Chevassus-au-Louis — Fri, 30 Jan 2026 11:00:00 +0100

Les politiques de décroissance se fixent comme objectif premier la réduction de l’empreinte environnementale de l’activité économique, et non l’augmentation du PIB. Elles sont de plus en plus reconnues, y compris par le GIEC, comme une perspective réaliste, peut-être la seule, pour maintenir le réchauffement en dessous de +2°C. Penser une société décroissante pose plusieurs difficultés, notamment la place et le rôle de la recherche scientifique. Depuis la fin des années 1980, cette dernière est explicitement mise au service de la croissance économique, à travers la thématique de l’innovation. De plus, l’activité de recherche est elle-même émettrice de gaz à effet de serre, dans une proportion environ dix fois supérieure à ce qu’imposerait la prise au sérieux des objectifs de Paris. Il s’en suit la conclusion logique que la recherche scientifique doit elle aussi décroître. Que faut-il interdire ? Arrêter ? Réduire ? Conserver ?

Bending the curve for freshwater biodiversity

Steven J. Cooke, Carleton University, Canada — Tue, 27 Jan 2026 12:00:00 +0100

By all accounts, freshwater biodiversity is in crisis and the status quo is failing to halt populations declines or habitat loss. For this seminar I will focus on what is needed to rebuild populations and restore freshwater ecosystems for the benefit of people and nature. I include a candid assessment of the quality of evidence associated with common conservation actions and identify what scientists can do to support conservation practitioners with their important work.

A new type of sex determinant found in a woodlouse

Fri, 23 Jan 2026 12:00:00 +0100

In animals, sex can be determined by environmental or chromosomal factors, or by maternally inherited microorganisms that feminize their hosts, thereby enhancing their transmission rates. These so-called feminizing symbionts comprise Wolbachia bacteria infecting woodlice (terrestrial isopods). In these species, females infected by feminizing bacteria carry male sex chromosomes. The transmission rate of the symbiont therefore governs sex ratios.

In the woodlouse Armadillidium arcangelii however, strong sex-ratio biases observed in certain populations are not due to a known microbe. Females producing biased sexe-ratios are not only identical to males in their genome, they are also indistinguishable from “regular” females in their microbiome. Investigating sex determination in these populations allowed us to uncovered a new type of heritable sex determinant.

Songs, booms, and chorus... Bioacoustic studies of communication and interrelations in some bird species

Fri, 09 Jan 2026 12:00:00 +0100

All environments, either terrestrial or aquatic, all ecosystems, are full of sounds. Some of these sounds are acoustic signals: some of their physical parameters encode information. Acoustic signals are exchanged between individuals in a communication context, and contribute to the achievement of many vital functions, in multiple species of Vertebrates and Arthropods. Exploring the diversity of produced signals, the information they support, how they are perceived, decoded, and interpreted, and how they participate to the life and to the interrelationships of animals is the goal of bioacoustics. Birds, who constitute 1/5 of vertebrate species, are highly vocal, and their vocalisations constitute a very significant part of biophony in soundscapes. As an associate professor in bioacoustics and ethology, I was involved in several research projects of acoustic communication in birds. To explore and understand what birds say, how and why they say it, will be the subject of the talk, through the study of singular sound systems of different bird species. Specifically, I will talk about birdsong and the coding-decoding systems of information, related to its territorial defence function, about how acoustic signals participate to communication in a reproductive context studied in a target species producing very low frequency booms, and at the scale of group living, I will present how signals allow inter and intra group communication, studied in a target species producing chorus.

A network approach to investigate horizontal transfer across various bacterial mobile genetic elements

Héloïse Muller, IBENS, Paris — Fri, 19 Dec 2025 12:00:00 +0100

In bacteria, genetic material is carried by different molecular vehicles – one or few self-replicating chromosomes and a diverse array of mobile genetic elements (MGEs), such as phages, plasmids, transposons, and cassettes. MGEs are genetic agents that are capable of capturing DNA segments and moving them within and between cells. The clonal nature of bacteria is therefore disrupted by MGEs through horizontal transfer (HT). Hence, studying individual MGEs as independently evolving elements, rather than considering all MGEs as a homogenous consortium present inside a bacterium, will bring important insight to how MGEs contribute to the genetic diversity in populations.

Domestication et diversification des arbres fruitiers pérennes : aperçu du genre Pyrus (Pyrus L.) par l'utilisation des outils de génomique des populations

Yuqi NIE, GQE-Le Moulon — Tue, 16 Dec 2025 14:00:00 +0100

Important : changement de lieu

Thèse dirigée par Madame Amandine CORNILLE et Madame Karine ALIX.

Mots-clés : Évolution, domestication, adaptation, génomique, culture pérenne, éléments transposables

Résumé

Les arbres fruitiers pérennes offrent des opportunités uniques pour explorer comment les espèces allogames à longue durée de vie ont évolué et répondent à la sélection humaine. Pourtant, leur histoire de domestication reste bien moins connue que celle des espèces annuelles. Cette thèse de doctorat étudie les processus démographiques et adaptatifs qui ont façonné la domestication des poiriers (Pyrus spp.) et met en lumière le rôle jusqu’ici négligé des éléments transposables (ET) dans l’évolution des espèces pérennes. Dans le chapitre I, j’ai analysé des données de reséquençage de génomes entiers à haute couverture provenant de 396 accessions de poiriers sauvages et cultivés, représentant des lignées occidentales et orientales. La modélisation démographique a révélé des goulots d’étranglement de domestication faibles, voire inexistants, et des flux de gènes importants entre les populations sauvages et cultivées. Les poiriers d’origine occidentale de dessert et à poiré (P. communis) sont issus de domestications indépendantes à partir de P. pyraster, tandis que les poiriers d’origine orientale (P. pyrifolia) ont subi des domestications distinctes en Chine et au Japon. Des analyses de sélection ont permis d’identifier des signatures spécifiques à la lignée et à l’usage, associées à la texture des fruits, au métabolisme et à l’immunité. Contrairement à l’hypothèse classique du « coût de la domestication», les poiriers cultivés présentent moins de variants délétères que leurs apparentées sauvages, probablement grâce à une élimination efficace par sélection et introgression. Les insertions d’éléments transposables reflètent la structure des populations et sont parfois colocalisées avec des gènes candidats soumis à sélection, suggérant une contribution modeste mais mesurable à l’évolution adaptative. Au chapitre II, j’ai examiné comment la biologie des plantes ligneuses vivaces à propagation clonale — caractérisées par une longue durée de vie, des systèmes d’allogamie et une reproduction végétative — a façonné leur paysage génomique. Nous montrons ici que les éléments transposables (ET), longtemps considérés comme des parasites génomiques, agissent comme des agents dynamiques d’innovation chez les cultures pérennes, influençant leur évolution structurale, régulatrice et adaptative. L’intégration de la génomique des populations d’ET aux analyses démographiques et de l’impact de la sélection offre un cadre puissant pour comprendre comment les génomes des plantes pérennes évoluent sous l’effet de la domestication et des pressions environnementales. Ce travail contribue à une meilleure compréhension de la domestication des plantes pérennes, démontrant que des interactions complexes entre la démographie (incluant le flux de gènes et la dérive génétique) et la variation induite par les ET ont façonné des événements évolutifs indépendants chez le poirier. Il souligne la nécessité d’intégrer les ET aux études de génomique des populations de plantes pérennes pour appréhender pleinement les mécanismes qui sous-tendent leur adaptation et leur résilience face aux changements globaux.

An eco-evolutionary approach to processes acting in metacommunity dynamics - Examples from freshwater snails in the Lesser Antilles

Philippe Jarne, Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive - CEFE, Montpellier — Fri, 12 Dec 2025 12:00:00 +0100

Eco-evolutionary approaches have gained considerable momentum in the study of biodiversity dynamics over the past two decades. After a brief historical overview, I will consider the different types of rapprochements between ecology and evolution that can lead to a genuine eco-evolutionary articulation, while proposing a general operational framework. I will illustrate how such an approach can be put into practice to refine our understanding of metacommunity dynamics, based on a study of invasive snail communities in Martinique. Two parthenogenetic species, each consisting of a set of clones, have invaded this island over the past three to four decades. Coexistence within the metacommunity (180 sites monitored over the long term) involves both intraspecific and interspecific competition, differential interactions with the environment, variable sensitivity to predation (by crayfish), and (possibly) differential use of food resources (biofilm). This study is part of a larger project that will be discussed in the conclusion.

La relation génotype-phénotype: des approches réductionnistes aux approches holistiques basées sur la protéomique

Mélisande BLEIN-NICOLAS, GQE-Le Moulon — Thu, 04 Dec 2025 13:00:00 +0100

Résumé

L’étude de la relation génotype-phénotype vise à comprendre comment des variations génétiques entre individus se traduisent en différences observables au niveau des caractères phénotypiques. Cette relation est particulièrement complexe car elle fait intervenir différents niveaux d’organisation moléculaires étroitement interconnectés et soumis à de multiples facteurs. Depuis le début de ma carrière, je m’attache à comprendre comment se construit la relation génotype-phénotype, en particulier chez les plantes cultivées.

Dans un premier temps, j’ai abordé cette question à travers l’étude des mécanismes de l’immunité chez les céréales, en mobilisant des approches de biologie moléculaire. Mon arrivée sur la plateforme de protéomique PAPPSO, en 2010, m’a ensuite amenée à m’orienter vers des approches plus holistiques, reposant notamment sur l’intégration de données multi-omiques. Mes travaux, menés dans un cadre collaboratif et pluri-disciplinaire, ont ainsi contribué à mieux comprendre les manifestations de l’hétérosis chez la levure et les bases génétiques et moléculaires de la réponse à la sécheresse chez le maïs. En parallèle, j’ai également contribué à des développements méthodologiques dans le domaine de la protéomique, dans l’objectif d’améliorer le traitement des données et de pouvoir mettre en oeuvre de nouvelles approches pour l’étude de la relation génotype-phénotype.

Estimation et sélection de variables dans les modèles mixtes et joints pour données longitudinales et de survie. Application à la modélisation conjointe des dates d’attaque du maïs par la pyrale et des défenses au cours du développement de la plante

Antoine CAILLEBOTTE, GQE-Le Moulon — Mon, 01 Dec 2025 10:00:00 +0100

La soutenance aura lieu à : Institut de Mathématique d’Orsay - 307 Rue Michel Magat, Bâtiment 307, 91400 Orsay, salle 3L8

Thèse dirigée par Estelle Kuhn, Sarah Lemler et Judith Legrand.

Résumé

La compréhension des interactions entre des phénomènes dynamiques dépendants est essentielle pour l’étude de population complexe d’individus. Les données longitudinales, mesures répétées au cours du temps, et les données de survie, mesures de temps jusqu’à un événement d’intérêt, sont deux types de données souvent recueillies en sciences du vivant, particulièrement en médecine ou en science végétale. Par ailleurs, des données de grande dimension en lien avec ces mesures sont de plus en plus souvent disponibles. Les modéliser conjointement est le sujet de cette thèse. D’une part, la modélisation à effets mixtes permet d’expliquer et d’interpréter les différences de variabilités que l’on peut avoir dans les données longitudinales, en utilisant des effets fixes communs à toute la population et des effets aléatoires variables d’un individu à l’autre dans la population. D’autre part, la durée entre un instant initial et la survenue d’un événement d’intérêt est modélisée par les modèles de survie. Un modèle joint combine un modèle à effets mixtes pour des données longitudinales et un modèle de survie pour des mesures de temps via une fonction de lien. Ces modèles utilisent également des covariables pour décrire les variabilités entre les individus d’une population. Ces covariables sont des caractéristiques mesurées, spécifiques aux individus ou à des groupes d’individus. Le nombre de ces dernières peut dépasser celui du nombre d’individus. Dans ce contexte de grande dimension, identifier les covariables à modéliser est une tache statistique difficile. En particulier, la sélection des variables pertinentes est d’autant plus complexe en présence de variables latentes non observées et dans le cas de modèles non linéaires. La première contribution de cette thèse porte sur une méthode d’estimation des modèles joints associant un modèle non linéaire à effets mixtes et un modèle de survie. L’approche proposée est fondée sur le maximum de vraisemblance et permet de s’affranchir des hypothèses classiques, en particulier l’appartenance du modèle à la famille exponentielle qui n’est pas satisfaite structurellement. Nous proposons une nouvelle méthode d’estimation des paramètres du modèle joint sans faire cette hypothèse via un algorithme de descente de gradient stochastique préconditionné. Nous étudions et comparons ses performances via une étude de simulation. La seconde contribution de ce travail de thèse se situe aux interfaces avec la biologie et consiste à analyser via un modèle joint un jeu de données réel pour mieux comprendre le lien entre le développement du maïs et les attaques du maïs par la pyrale. La procédure d’estimation du modèle joint proposée dans la première contribution a été mise en œuvre. Cette application ouvre des perspectives de recherche afin de répondre plus en détail à la question biologique complexe. La troisième contribution porte sur la sélection de variables dans les modèles non linéaires à effets mixtes en grande dimension. Nous proposons une approche basée sur l’estimation par maximum de vraisemblance régularisée avec une pénalisation l1. Nous sélectionnons les variables pertinentes via un critère de choix de modèle de type eBIC et calculons en pratique cet estimateur via un algorithme de descente de gradient stochastique combiné à un opérateur proximal pondéré. Nous étudions et comparons les performances de la méthode proposée via une étude de simulation. La quatrième contribution porte sur la sélection de variables dans les modèles joints. La procédure proposée pour les modèles à effets mixtes a été étendue au cadre du modèle joint intégrant des covariables de grande dimension dans le risque de survie. Nous étudions les performances via une étude de simulation qui démontre la capacité de la méthode proposée à estimer et à sélectionner les covariables pertinentes dans différents modèles complexes.

Establishment, maintenance and consequences of inter-individual transcriptional variability for a gene involved in nitrate nutrition in plants

Sandra Cortijo Institute for Plant Sciences of Montpellier (IPSiM) — Fri, 28 Nov 2025 12:00:00 +0100

Surprisingly, differences in phenotypes and gene expression are observed between genetically identical individuals grown in the same environment. While we now have a good knowledge of the source and consequences of transcriptional differences observed between cells, in particular for unicellular organisms, it is still very scarce when it comes to variability between multicellular organisms. Using plants as a model we analysed the establishment, maintenance and consequences of inter-individual transcriptional variability. We showed, for a gene of interest, that differences in expression between plants are established in young seedlings and maintained over several days. Our results also indicate that these differences in expression can explain phenotypic variability between plants such as for the root growth. Finally, using a genome-wide approach, we found a co-expression in seedlings for our gene of interest, involved in nitrate nutrition, and genes involved in photosynthesis. All in all, our study suggests that a global coordination of the genes involved in the carbon/nitrate balance in plants is established in young seedlings, with differences between plants, and then maintained over time.

Comprendre les processus évolutifs des mycobactéries pathogènes pour prévenir l’émergence de variants à danger sanitaire élevé

Adrien Le Meur, ESE — Tue, 25 Nov 2025 09:30:00 +0100

Thèse dirigée par Guislaine Refrégier (ESE, équipe Génétique et Ecologie Evolutives .

Résumé

Mycobacterium tuberculosis est une bactérie pathogène responsable de la tuberculose. C’est la première cause de mortalité dans le monde par un agent infectieux. Le traitement pour la tuberculose est un régime de plusieurs antibiotiques qui doivent être pris chaque jour pendant plusieurs mois, ce qui limite son effcacité dans des pays à ressources limitées. La bactérie est capable d’acquérir de manière spontanée des résistances aux antibiotiques. Pour suivre l’évolution de la maladie et diagnostiquer la résistance aux antibiotiques, M. tuberculosis est beaucoup séquencée. Plus de 200,000 archives de séquençage sont disponibles publiquement dans des bases de données. Pendant ma thèse, j’ai développé Genotube, un pipeline d’analyse bioinformatique permettant d’identifier des variants à partir de données de séquençage Illumina, de prédire la résistance aux antibiotiques et d’identifier la lignée des souches.

eLTER and BioDT: Developing the Digital Infrastructure for Environmental Science in Europe

Allan T. Souza, University of Helsinki, Finland — Fri, 21 Nov 2025 12:00:00 +0100

Understanding how ecosystems respond to environmental and societal changes requires high-quality, long-term, and interoperable data. The European Long-Term Ecosystem, critical zone and socio-ecological Research Infrastructure (eLTER RI) is addressing this challenge by building a pan-European network of more than 250 well-instrumented sites across over 20 countries. Its Whole System Approach (WAILS) integrates the biophysical and social dimensions of environmental systems, providing the foundation for holistic, cross-scale ecological research.

This presentation will introduce the eLTER Research Infrastructure, focusing on its standard observations, cyberinfrastructure, and the ongoing data mobilisation initiative that supports researchers in making their datasets compliant with the FAIR principles (Findable, Accessible, Interoperable, and Reusable). Furthermore, the talk will explore how eLTER data and services contribute to the Biodiversity Digital Twin (BioDT) initiative, which aims to create dynamic, data-driven models of biodiversity processes. The integration between eLTER and BioDT represents a crucial step toward predictive ecological modelling and decision support systems for sustainable environmental management.

Theories of the origin of SARS-CoV-2 in the light of its continuing evolution

Fri, 14 Nov 2025 12:00:00 +0100

The exact details of the emergence of SARS-CoV-2, the virus causing Covid-19, remain unknown. Scientific publications using data available to date point to a natural origin linked to the wildlife trade at a market in Wuhan, China. Yet, theories postulating a research-related origin of SARS-CoV-2 abound, and currently dominate the public discussion of the origin of the Covid-19 pandemic.

In this seminar, I will first give an overview of the data that have accumulated since 2020, and how they point to a zoonotic origin. Then, I will describe the diversity of research-related origin scenarios, propose a typology to characterize them, and discuss their characteristics and evidence base, or the lack thereof. Finally, I will focus on a feature of SARS-CoV-2 that is central in today’s leading research-related hypotheses, namely the insertion that led to the introduction of a polybasic cleavage site in the spike glycoprotein, and will show how SARS-CoV-2’s evolution in humans over the past 6 years has provided examples demonstrating that such insertions happen naturally.

NBS4AQUAMISSION project : how nature-based solutions can help in reducing pharmaceuticals' pollution

Gema Parra, University of Jaèn, Spain — Fri, 07 Nov 2025 12:00:00 +0100

Essential human activities, such as healthcare and food production, contribute to pharmaceutical product (PP) pollution, which has been identified as a significant stressor to aquatic biodiversity. In addition, insufficient PP removal in wastewater treatment plants (WWTP) has been repeatedly reported, leading to PP concentrations in water bodies that affect and threaten aquatic life, ecosystem health, and eventually human wellbeing.

Taking the MISSION of safeguarding aquatic biodiversity in urban and rural waters exposed to the pressure of PP pollution, NBS4AQUAMISSION aims to leverage nature-based solutions (NbS) to mitigate PP pollution. That reduction will impact aquatic biodiversity positively. The project will assess the NbS using an ecotoxicological approach, which will allow us to inform us to what extent their implementation will reduce the ecological risk of the pharmaceutical toxic “cocktail”.

Influence structurante des zones humides en milieu semi-aride : De la dynamique de la disponibilité en eau aux structures paysagères dans une savane d'Afrique australe

Alexis Roy, ESE — Thu, 06 Nov 2025 14:00:00 +0100

Thèse co-dirigée par Florence Hulot et Kamel Soudani.

Résumé Les zones arides recouvrent environ 40% de la surface de la Terre et regroupent un ensemble d’écosystèmes où la limitation de la ressource en eau constitue un élément structurant de leur écologie. Dans ces zones climatiques arides, on peut trouver des écosystèmes où la présence d’eau est plus ou moins intermittente, qu’on appelle des zones humides, et qui constituent à la fois des hotspots de biodiversité et des réservoirs importants de carbone terrestre. En milieu aride, elles sont aussi une source majeure d’hydratation pour la faune et abritent des espèces spécifiques. Si la contribution des paramètres climatiques aux grandes dynamiques spatiales est bien étudiée, la relation entre ces paramètres, la dynamique de remplissage et d’assèchement des zones humides et l’organisation spatiale à différentes échelles de la végétation est pour l’instant peu étudiée. Pourtant, notre hypothèse est que ces paramètres sont intimement liés par la limitation de la disponibilité en eau. C’est le cas en Afrique australe, qui subit un changement climatique particulièrement intense, et dont les impacts sur les zones humides sont encore mal compris et décrits.

Evolution of olfaction in vertebrates

Maxime Policarpo, Max Planck Institute for Biological Intelligence, Germany — Mon, 03 Nov 2025 12:00:00 +0100

Olfaction plays a major role in the survival and reproductive success of vertebrates, being involved in feeding, predator avoidance, and reproduction. The diversity of molecules that can be smelled by a species depends on the number of expressed olfactory receptors, that are divided in four large gene families (OR, TAAR, V1R and V2R), and which are shaped by a birth-and-death model (recurrent duplications and losses).

I will show the extent of variation in the number of receptors possessed by vertebrates, and its correlation with the olfactory system morphology and key ecological parameters. My talk will also focus on the adaptation of the olfactory system regarding land-to-water or water-to-land transitions across vertebrates. Finally, I will highlight convergences in olfactory capacities across species, as well as links between olfaction and other sensory or physiological systems.

Évolution de suppression de recombinaison autour du locus de type sexuel chez des champignons Sordariales

Elsa de Filippo, ESE — Thu, 16 Oct 2025 14:00:00 +0200

Thèse dirigée par Fanny Hartmann et Tatiana Giraud ESE .

Résumé Une région de suppression de recombinaison a évolué autour du locus déterminant le sexe chez les chromosomes de nombreux clades Eucaryotes. La suppression de recombinaison s’étend souvent bien plus loin que le locus déterminant le sexe, par étapes, générant ainsi des régions avec des niveaux de divergence différents que l’on appelle strates évolutives. Comprendre comment et pourquoi la recombinaison est supprimée autour des loci déterminant le sexe est fondamental pour comprendre l’évolution des chromosomes sexuels. Les chromosomes de types sexuels des champignons sont un excellent modèle pour tester des hypothèses concernant l’évolution des chromosomes sexuels. Chez les champignons Ascomycètes, la suppression de recombinaison et les strates évolutives semblent être associées avec une phase dicaryotique prolongée et la production de spores auto-fertiles qui sont dicaryotiques avec des noyaux de types sexuels opposés. Des régions de suppression de recombinaison et des strates évolutives ont été décrites dans deux complexes d’espèces avec une phase dicaryotique étendue et appartenant aux Sordariales : Podospora anserina et Neurospora tetrasperma. Durant ma thèse, j’ai étudié une troisième lignée incluant des espèces avec une phase dicaryotique prolongée au sein des Sordariales : Schizothecium tetrasporum. J’ai exploré la diversité d’espèces au sein de S. tetrasporum et j’ai testé l’association entre la suppression de recombinaison et la présence d’une phase dicaryotique prolongée. J’ai également étudié le fardeau génétique et les modifications génétiques et épigénétiques associées avec la suppression de recombinaison.

Transposable elements as architects of fungal genomes: tracking TE dynamics from decades to a billion years

Tobias BARIL, Université de Neuchâtel — Fri, 10 Oct 2025 12:00:00 +0200

Transposable elements (TEs) are abundant, diverse, and persistent components of eukaryotic genomes. Increasing evidence suggests that TEs can drive host adaptation, prompting a fundamental question in evolutionary biology: to what extent has the complexity of eukaryotic life been shaped by TE activity? To address this, I investigate TE dynamics across multiple biological scales—from populations to entire kingdoms—while developing scalable, species-agnostic tools that enable such analyses. At the population level, I focus on the fungal wheat pathogen Zymoseptoria tritici, which provides exceptional resolution for studying recent TE evolution thanks to dense global sampling and a well-characterised timeline of range expansion. At broader evolutionary scales, I examine how TEs persist over millions of years despite often imposing fitness costs and threatening genome integrity. Using controlled phylogenetic frameworks, I incorporate variation in host suppression mechanisms, life-history traits, and horizontal transposon transfer (HTT) to understand the interactions that underpin the widespread persistence of TEs across eukaryotic genomes. Fungi offer an ideal system for these investigations, with over 4,300 genomes spanning nearly one billion years of evolution. This diversity opens the door to evaluating long-standing assumptions about TE evolution beyond a handful of model systems. By combining cross-scale evolutionary analyses with the development of accessible tools, my goal is to build a foundation on which we can determine whether TEs are simply selfish elements, or hidden architects responsible for driving genomic novelty across eukaryotes.

Evolution by whole genome duplication in Xenopus

Zhen LI, EGCE — Fri, 26 Sep 2025 13:00:00 +0200

The thesis project was supervised by Nicolas Pollet, Directeur de Recherche.

KEYWORDS:

Whole genome duplication, Xenopus, Evolution, Subgenome dominance, Transposable element

SUMMARY:

Whole-genome duplications (WGDs) play a crucial role in the evolution of eukaryotic species by providing raw genetic material for adaptation to novel and changing environments. Despite their evolutionary significance, the long-term dynamics of polyploid genome evolution following WGD events remain poorly understood. The Xenopus genus, a known hotspot for WGD in animals, serves as an excellent model for studying polyploid genome evolution.

Sex determination candidate loci in two anuran species groups

Thu, 25 Sep 2025 12:00:00 +0200

Vertebrate sex is determined by repeatedly evolved environmental or genetic triggers. In amphibians, undifferentiated sex chromosomes and large genomes have caused major knowledge gaps. Only a single master sex-determining gene, dm-w in clawed frogs (Xenopus; ZW♀/ZZ♂), is known across over 8770 amphibian species. Combining chromosome-scale female and male genomes (3.8 Gbp) of the European green toad, Bufo(tes) viridis, with ddRAD- and pool-sequencing, we identified a candidate master locus, governing a male-heterogametic system (XX♀/XY♂). Targeted sequencing across taxa showed structural X/Y-variation in the bod1l 5′-regulatory region, where a Y-specific non-coding RNA (ncRNA-Y), only expressed in males, suggests that this locus initiates sex-specific differentiation. Developmental transcriptomes and RNA in-situ hybridization show sex-specific ncRNA-Y and bod1l expression in primordial gonads, coinciding with differential H3K4me-methylation in pre-granulosa/pre-Sertoli cells, suggesting a new mechanism of amphibian sex determination (Kuhl, Tan et al., https://doi.org/10.1038/s41467-024-49025-2) .