Eléments transposables, dynamique des génomes et des épigénomes : un voyage au cœur de la variabilité structurale et fonctionnelle

Soutenance de HDR
 12/12/2024
 14:00:00
 Clémentine Vitte, GQE-Le Moulon
 IDEEV - Salle Rosalind Franklin

Habilitation à Diriger des Recherches delivered by Université Paris-Saclay for Clémentine Vitte

Résumé des travaux :

Les progrès de la génomique au cours des 50 dernières années ont permis une description de plus en plus fine du contenu des génomes, de leur organisation et de leur régulation, pour un nombre croissant d’espèces. Ces travaux ont mis en évidence l’ampleur de la fluidité structurale des génomes des plantes, y compris au sein d’une même espèce. Ils ont également révélé la diversité des séquences qui sous-tendent le phénotype, faisant ainsi émerger de nouveaux concepts sur la régulation de l’expression des génomes.

Capables de modifier de façon conjointe la structure et la régulation des génomes, les éléments transposables tiennent une place de premier plan dans leur évolution. D’abord décrits comme une curiosité sans importance, ils sont aujourd’hui considérés comme des contributeurs majeurs à la variabilité phénotypique des individus et à l’évolution des organismes.

Au cours de ma carrière, je me suis intéressée à comprendre comment évolue la structure des génomes, et comment cette évolution sous-tend des variations fonctionnelles, avec un intérêt particulier pour la dynamique des éléments transposables dans ces processus. Après avoir produit des contributions majeures sur la dynamique des éléments transposables et son impact sur l’évolution de la taille des génomes chez les plantes à fleurs, j’ai orienté mes recherches vers des aspects plus fonctionnels, qui me mènent aujourd’hui à étudier la contribution des éléments transposables à l’adaptation et l’évolution des espèces, notamment via leur contribution aux séquences cis-régulatrices de l’expression des gènes. Mes travaux ont en outre été un levier pour le développement de la génomique et de l’épigénomique du maïs en France, au bénéfice des recherches publiques et privées sur cette espèce.

Composition du jury :

• Pascale Lesage, DR CNRS, Université Paris Cité, rapportrice
• Josep Casacuberta, « research group leader », CRAG, Espagne, rapporteur
• Vincent Castric, DR CNRS, Université de Lille, rapporteur
• Séverine Chambeyron, DR CNRS, Université de Montpellier, examinatrice
• Cécile Raynaud, DR CNRS, Université Paris Saclay, examinatrice
• Philippe Gallusci, Pr Université de Bordeaux, examinateur