Il travaille à l’IDEEV : Jonathan Filée, chargé de recherche à EGCE
16/01/2026
Du labo à la pêche, quelle mouche le pique ?
Jonathan Filée, en quoi consiste votre travail à EGCE ?
Chargé de recherche CNRS, je suis avant tout un chef de projet, je n’ai plus beaucoup de temps pour faire de l’expérimentation ! Mes activités principales sont centrées sur la recherche de financements, l’encadrement des étudiants et des postodocs ainsi que la gestion de l’équipe-projet, sur la génétique de la mouche soldat noire, que j’anime. J’ai notamment laissé de côté mes engagements dans les instances de la recherche comme le comité national du CNRS mais je reste impliqué dans diverses responsabilités collectives locales, je suis correspondant valorisation du CNRS au sein d’EGCE par exemple.
Mon travail s’inscrit dans le cadre d’un pôle transversal d’EGCE, le pôle « Domestication des insectes » (équipe Evolution et génomes - https://www.egce.universite-paris-saclay.fr/?page_id=3771 ) que j’anime avec mon collègue de l’IRD Pierre-Olivier Maquart. Il repose notamment sur des recherches de génétique et de génomique évolutive des insectes comestibles. J’ai développé un élevage de mouches soldats noires (black soldier flies ou MSN) dont les larves sont utilisées dans le monde pour produire des farines animales destinées à l’alimentation d’animaux d’élevage (poulets ou poissons). La MSN est d’un grand intérêt dans le recyclage d’une très grande variété de déchets organiques. Elle est utilisée dans des projets de récupération de déchets ménagers ou industriels dans le cadre d’une économie circulaire.
La biologie de cet insecte est encore mal connue et son élevage à l’échelle industrielle rencontre des problèmes de montée en échelle des volumes de production et engendre des surcoûts économiques. La recherche scientifique a donc un rôle très important à jouer pour améliorer la production de masse des MSN. La France est toutefois pionnière dans ce domaine eu Europe, l’équipe travaille avec la plupart des entreprises françaises à travers plusieurs projets ANR, notamment. D’un point de vue plus fondamental, l’histoire évolutive de l’espèce est également très intéressante : la MSN est une espèce invasive originaire d’Amérique du sud qui s’est répandue dans le monde entier au cours d’invasions assez anciennes. Nous suspectons des événements de spéciation cachée et d’adaptations à la domestication dans les conditions d’élevage industriel.
A EGCE, nous maintenons 5 lignées de mouches soldat noires collectées en Europe, Afrique et Asie avec des traits d’histoire de vie très différents (croissance, durée du cycle de vie, taux de survie…). Nous menons des expériences de génomique comparative en tentant de faire le lien entre phénotypes et génotypes.
Les risques pathogènes et d’échappement existent. Aves mes collègues d’EGCE Pierre-Olivier Maquart et Nicolas Pollet, je travaille dans le cadre d’une réflexion avec Franck Courchamp et Elena Manfrini ESE sur les problèmatiques de biosécurité des élevages, en particulier les fuites d’insectes. La biosécurité est un sujet important auquel il faut trouver des solutions ainsi que l’aspect éthique, comme le bien-être animal (conditions d’élevage, de stockage et d’euthanasie).
Je collabore avec d’autres membres du laboratoire EGCE et de l’IDEEV, dont avec Myriam Harry (EGCE) sur les vecteurs de maladie de Chagas (des punaises hématophages).
Quel est votre parcours académique ?
Je suis né en Belgique mais j’ai accompli la totalité de mon parcours universitaire en France : des études de biologie à Sorbonne Université puis un Master (ex DEA) et une thèse de Doctorat à l’Université Paris-Saclay dans un laboratoire de microbiologie (l’Institut de Génétique et de Microbiologie (IGM) aujourd’hui intégré dans l’I2BC). J’ai fait mon post-doc à l’Université Paul Sabatier à Toulouse sous la responsabilité de Michael Chandler. En 2008, après 4 ans de post doc, j’ai été recruté au CNRS.
Qu’est-ce qui vous a poussé à faire de la recherche ?
D’aussi loin que je me souvienne, je me suis toujours senti une vocation pour les sciences naturelles et, dès la fin du lycée, j’ai choisi de faire de la recherche mon futur métier. Mon intérêt pour la biologie et l’écologie évolutive n’est venu qu’un peu plus tard. La lecture des livres de Stephen Jay Gould (paléontologue américain, un des plus grands vulgarisateurs de la biologie évolutive) a été très importante dans cette orientation. Les différents stage de licence et master, notamment à l’Institut Pasteur, ont aussi beaucoup compté.
Une rencontre ou une anecdote qui vous a marqué ?
Mon directeur de thèse, Patrick Forterre, a eu une grande influence sur mes choix scientifiques, même si je peux avoir aujourd’hui certains désaccords avec lui. Je dois aussi citer Pierre Capy, (fondateur et ancien directeur de l’IDEEV ), directeur de mon jury de thèse et qui m’a proposé de postuler au CNRS au sein du laboratoire EGCE. C’est ainsi en grande partie grâce au déménagement au sein de l’IDEEV dans des locaux beaucoup plus spacieux et mieux équipés que j’ai pu développer mes recherches sur les insectes comestibles.
Un objet qui représente votre travail ?
Quelle importance accordez-vous à la médiation scientifique ?
Je suis convaincu du besoin qu’il y a, pour nous scientifiques académiques, de sortir de nos labos et d’aller communiquer vers la société. Je n’ai hélas pas assez de temps et d’énergie à y consacrer pleinement. Passionné par la pêche à la mouche, j’écris régulièrement des articles dans un blog ( https://www.truites-et-cie.fr ) pour faire le lien entre génétique et conservation des poissons. Je participe aussi à des conférences grand public de façon ponctuelle et il m’arrive de rédiger des articles de vulgarisation comme par exemple le récent livre blanc sur la valorisation publié par l’Institut Écologie et Environnements du CNRS ( https://www.inee.cnrs.fr/fr/livre-blanc-innovation-et-valorisation-en-sciences-de-lecologie-et-de-lenvironnement) .
Votre mot de la fin ?
La recherche est un métier fantastique, un moyen de se sentir utile à la société et qui offre encore une grande liberté intellectuelle. Même s’il y a peu de postes et même si le parcours est difficile. Il faut, je crois, tenir un discours plus optimiste sur le métier auprès des jeunes, et à nos étudiants, en particulier aux jeunes femmes !
Propos recueillis par Isabelle Genau et Sylvie Salamitou, communication IDEEV - Photos : I. Genau - octobre 2025