Laboratoire : EGCE

Equipe : Evolution et Génomes

Sujet de recherche

Mes questions de recherche s’articulent autour de l’histoire évolutive des insectes, avec un intérêt particulier pour l’adaptation et l’évolution des systèmes chimiosensoriels et leur domestication. Après une thèse au laboratoire EGCE (Pôle Évolution et Écologie encadrée par M. Harry et F. Mougel) sur vecteurs de la maladie de Chagas du genre Rhodnius, j’ai poursuivi mes recherches à l’ISYEB, où j’ai étudié l’évolution du système chimiosensoriel des coléoptères aquatiques Adephaga.

J’utilise des outils bioinformatiques et des méthodes de biologie moléculaire afin de décrypter les mécanismes génomiques sous-jacents aux adaptations environnementales. Au sein du laboratoire EGCE (Pôle Évolution et Génomes), je travaille sur la génomique de différentes souches d’Hermetia illucens, la mouche soldat noire, un excellent modèle de domestication avec un fort intérêt agroalimentaire.

Expériences de Recherche

• Évolution des gènes chimiosensoriels en relation avec la transition du milieu terrestre au milieu aquatique, au sein des coléoptères, par une approche de transcriptomique comparative à l’ISYEB (Sorbonne Université, MNHN, EPHE, CNRS, UA) tutoré par Pr. Michaël Manuel (post-doctorat, juin 2023 - déc. 2024) Assemblage de transcriptomes d’Adephaga (coléoptères) et annotations des transcrits chimiosensoriels. Reconstruction de l’histoire évolutive par phylogénies de familles multigéniques. Etude d’expression différentielle de gènes chimiosensoriels dans différents organes chez un grand dytique (Cybister lateralimarginalis) avec des données chez l’adulte et la larve.

• Dynamique des génomes et évolution moléculaire des récepteurs chimiosensoriels des vecteurs de la maladie de Chagas du genre Rhodnius à l’EGCE (Université Paris-Saclay, CNRS, IRD) à Gif-sur-Yvette encadré par Pr. Myriam HARRY et co-encadrée par MCF Florence MOUGEL (thèse de doctorat, oct. 2019 - avril 2023) Étude de l’histoire évolutive des espèces du genre Rhodnius par analyse phylogénomique, estimation de la taille des génomes, assemblage et annotation de 13 génomes, étude de la dynamique des pertes et gains de gènes en lien avec l’habitat, annotation et recherche de sélection en lien avec l’habitat sur les gènes chimiosensoriels.

Enseignement et encadrement :

• 2023-2024 : Bioinformatique : les outils indispensables (L2 LU2SV381, Sorbonne Université) formation généraliste sur le système d’exploitation Unix/Linux et ses outils de traitement de données (12h).
• 2020-2022 : Biologie Évolutive (L3 BiolEvol, Université Paris-Saclay) relations phylogénétiques entre les taxons, la diversité biologique est mise en relation avec des mécanismes et des scénarios évolutifs. TP de bioinformatique de construction de phylogénies et reconstruction de l’histoire d’une famille multigénique, présentation de différents outils et bases de données. (76h)
• 2020-2022 : Génétique des populations (L3 GPQ, Université Paris-Saclay) TD sur les concepts fondamentaux de génétique des populations (pressions évolutives et régime de reproduction) avec des exemples en biologie de la conservation, épidémiologie, génétique humaine et agronomie. (46h)
• 2019-2020 : Evolution biologique et écologie: de l’organisme aux écosystèmes (L1 UESV102, Université Paris-Saclay) TD d’écologie avec étude de cas, TD de calcul de fréquences alléliques, TP informatique sur l’évolution des fréquences alléliques sous l’effet des pressions. Mise en place de l’enseignement à distance via visioconférence au cours de l’UE. Correction de copies de partiels et d’examens. (60h)
• 2019-2022 : Encadrement de trois stagiaires de M2 en bioinformatique (lors du Doctorat) Annotation de gènes chimiosensoriels par plusieurs approches, utilisation de programmes en ligne de commande et de webserveurs en ligne.

Publications

2023

• Merle M. , 2023/04/18, Dynamique des génomes et évolution moléculaire des récepteurs chimiosensoriels des vecteurs de la maladie de Chagas du genre Rhodnius, phdthesis, Université Paris-Saclay

2022

• Filée J., Merle M. , Bastide H., Mougel F., Bérenger JM., Folly-Ramos E., Almeida CE., Harry M.. (2022) Phylogenomics for Chagas Disease Vectors of the Rhodnius Genus (Hemiptera, Triatominae): What We Learn From Mito-Nuclear Conflicts and Recommendations. Front. Ecol. Evol., (9) 750317
• Merle M. , Filée J., de Oliveira J., Almeida CE., Mougel F., Bastide H., Girondot M., da Rosa JA., Harry M.. (2022) Genome Size Variation of Chagas Disease Vectors of the Rhodniini Tribe. The American Journal of Tropical Medicine and Hygiene, 1 (107) 211-215