Maud TENAILLON

Maud TENAILLON

 dernières mises à jour 04/01/2023 -   01 69 33 23 34
 maud.tenaillon@inrae.fr
 Génomique Evolutive et Adaptation des plantes Domestiquées
 CNRS, Directrice de Recherche
 publications - orcid 

Mes recherches portent sur la compréhension des forces évolutives qui façonnent la diversité génomique des plantes. J’ai un intérêt particulier pour le processus de domestication qui a entraîné une perte de diversité résultant à la fois d’un goulot d’étranglement et d’une sélection au niveau de locus cibles. Au cours de ma thèse, je me suis intéressée à aux questions suivantes : Quelles sont les locus impliqués dans le syndrome de domestication chez le millet ? Quelle est l’influence du système de reproduction sur l’organisation des gènes de domestication ? Depuis, j’ai effectué mes travaux principalement chez le maïs et ses formes sauvages apparentées, les téosintes. J’ai étudié l’influence de la recombinaison et de la sélection sur les profils de diversité chez cette espèce. J’ai travaillé aussi bien à une échelle restreinte pour comprendre l’interférence entre deux balayages sélectifs, qu’à une échelle multilocus pour modéliser l’impact démographique de la domestication sur la diversité et le déséquilibre de liaison. J’ai utilisé un modèle de coalescence pour la détection de locus sous sélection chez le maïs. En parallèle, j’ai étudié l’évolution de familles multigéniques codant pour les enzymes de la voie de biosynthèse de l’amidon, dont l’augmentation est un caractère cible de la domestication.

Plus récemment, j’ai travaillé sur des questions liées à la variation de la taille du génome au sein et entre les espèces du genre Zea, sous l’angle de leur contenu génomique en éléments transposables (ET), et l’angle écologique (corrélation à des variables environnementales). Je me suis également intéressée à l’histoire démographique et adaptative du maïs européen, qui a subi deux introductions indépendantes à partir du continent américain. L’admixture entre des populations du Sud et du Nord a permis l’adaptation aux latitudes moyennes dans ces deux continents. Nous avons aussi découvert des régions génomiques avec un niveau inhabituel d’hétérozygotie résiduelle, que nous avons interprété comme le résultat d’une sélection contre la dépression de consanguinité.

Méthodologies

Projets en cours

  • Adaptation locale le long de gradient d’altitude de populations de téosintes
    Ce travail a consisté en des collectes de populations naturelles de téosintes, l’obtention de données de séquençage à haut-débit au niveau populationnel, la description du contenu en ET des génomes, la découverte de locus ciblés par la sélection, la caractérisation d’un syndrome d’adaptation à l’altitude grâce à des expériences de jardins communs, l’établissement de lien entre variation génotypique et phénotypique par une approche de génétique d’association.

  • Evolution expérimentale chez le maïs
    Nous avons mené deux expériences de sélection divergente pour la date de floraison dans deux fonds génétiques homogènes (lignées de maïs) sur 20 générations. Les populations obtenues présentent des décalages importants de date de transition florale. La réponse à la sélection est significative et continue; elle résulte de la fixation d’hétérozygotie résiduelle et de nouvelles mutations. Cette réponse se traduit au niveau transcriptionnelle par de la convergence génétique entre les lignées de maïs. Nous étudions la dynamique de fixation et les effets des mutations en combinant simulations et génétique d’association. Nous nous interrogeons également sur l’impact des changements phénologiques sur le microbiome rhizosphèrique.

  • Déterminants de l’association maïs-haricot
    Contrairement à la sélection naturelle et humaine qui agit depuis des millénaires dans un contexte d’assemblage multi-spécifique, les interactions biotiques sont minimisées dans les agroécosystèmes modernes. Nous nous focalisons sur l’association maïs-haricot, encore pratiquée dans certains systèmes d’agriculture traditionnels européens. Nous nous intéressons au potentiel bénéfice de ce partenariat biologique avec des synergies qui pourraient résulter de processus de complémentarité et/ou de facilitation. Nous intégrons des enquêtes sur les pratiques, des mesures agronomiques, des études génétiques pour étudier son histoire évolutive et les déterminants de son succès. Plus généralement au travers du projet INCREASE ( https://www.pulsesincrease.eu/   ) nous souhaitons promouvoir la description, la préservation et l’utilisation des ressources génétiques de légumineuses alimentaires. En savoir plus sur une Expérience de Science Citoyenne   .

  • Isolement reproducteur entre sauvages et domestiques
    Nous abordons ici des questions telles que: Quelle est l’étendue des barrières reproductives entre les espèces sauvages et domestiques? Quels sont les liens entre barrières reproductives, divergences historiques, génomiques et phénotypiques? Quels sont les déterminants moléculaires de ces barrières?

Communauté

Parcours académique CV détaillé

  • Chercheuse CNRS, GQE-Le Moulon (depuis 2002)
  • Médaille de bronze du CNRS 2011
  • Mise à disposition (sabbatique), Gaut lab à UC Irvine CA (2009-2011)
  • HDR en 2009 (Université Paris-Sud)
  • Postdoc Gaut lab à UC Irvine CA (1999-2002)
  • Master et Doctorat, Lab. Evolution et Systématique, Université Paris-Sud (1995-1999)

Publications

Liste des publications  

Publications

  • Desbiez-Piat A., Ressayre A., Marchadier E., Noly A., Remoue C., Vitte C., Belcram H., Bourgais A., Galic N., Guilloux ML., Tenaillon M. , Dillmann C.. (2023) Pervasive GxE interactions shape adaptive trajectories and the exploration of the phenotypic space in artificial selection experiments. Genetics, (in press) 2023.01.13.523786
  • Desbiez-Piat A., Ressayre A., Marchadier E., Noly A., Bourgais A., Galic N., Le Guilloux M., Tenaillon M. , Dillmann C.. (2023) The coupling between mutations effects and environment guides the exploration of phenotypic space as evidenced in artificial selection experiments. ,
  • Papalini S., Di Vittori V., Pieri A., Allegrezza M., Frascarelli G., Nanni L., Bitocchi E., Bellucci E., Gioia T., Pereira LG., Susek K., Tenaillon M. , Neumann K., Papa R.. (2023) Challenges and Opportunities behind the Use of Herbaria in Paleogenomics Studies. Plants, 19 (12) 3452
  • Tenaillon M. , Burban E., Huynh S., Wojcik A., Thuillet AC., Manicacci D., Gérard PR., Alix K., Belcram H., Cornille A., Brault M., Stevens R., Lagnel J., Dogimont C., Vigouroux Y., Glémin S.. (2023) Crop domestication as a step toward reproductive isolation. American Journal of Botany, 7 (110) e16173
  • Burban E., Tenaillon M. , Le Rouzic A.. (2022) Gene network simulations provide testable predictions for the molecular domestication syndrome. Genetics, 2 (220) iyab214
  • Fréville H., Montazeaud G., Forst E., David J., Papa R., Tenaillon M. . (2022) Shift in beneficial interactions during crop evolution. Evolutionary Applications, 6 (15) 905-918
  • Barrera-Redondo J., Sánchez-de la Vega G., Aguirre-Liguori JA., Castellanos-Morales G., Gutiérrez-Guerrero YT., Aguirre-Dugua X., Aguirre-Planter E., Tenaillon M. , Lira-Saade R., Eguiarte LE.. (2021) The domestication of Cucurbita argyrosperma as revealed by the genome of its wild relative. Hortic Res, 1 (8) 109
  • Bellucci E., Mario Aguilar O., Alseekh S., Bett K., Brezeanu C., Cook D., De la Rosa L., Delledonne M., Dostatny DF., Ferreira JJ., Geffroy V., Ghitarrini S., Kroc M., Kumar Agrawal S., Logozzo G., Marino M., Mary‐Huard T., McClean P., Meglič V., Messer T., Muel F., Nanni L., Neumann K., Servalli F., Străjeru S., Varshney RK., Vasconcelos MW., Zaccardelli M., Zavarzin A., Bitocchi E., Frontoni E., Fernie AR., Gioia T., Graner A., Guasch L., Prochnow L., Oppermann M., Susek K., Tenaillon M. , Papa R.. (2021) The INCREASE project: Intelligent Collections of food‐legume genetic resources for European agrofood systems. Plant J, 3 (108) 646-660
  • Desbiez-Piat A., Le Rouzic A., Tenaillon M. , Dillmann C.. (2021) Interplay between extreme drift and selection intensities favors the fixation of beneficial mutations in selfing maize populations. Genetics, 2 (219)
  • Lorant A., Ross-Ibarra J., Tenaillon M. , Dutheil JY.. (2020) Genomics of Long- and Short-Term Adaptation in Maize and Teosintes. , 289-311
  • Aguirre‐Liguori JA., Gaut BS., Jaramillo‐Correa JP., Tenaillon M. , Montes‐Hernández S., García‐Oliva F., Hearne SJ., Eguiarte LE.. (2019) Divergence with gene flow is driven by local adaptation to temperature and soil phosphorus concentration in teosinte subspecies (Zea mays parviglumis and Zea mays mexicana ). Mol Ecol, 11 (28) 2814-2830
  • Fustier MA., Martínez-Ainsworth NE., Aguirre-Liguori JA., Venon A., Corti H., Rousselet A., Dumas F., Dittberner H., Camarena MG., Grimanelli D., Ovaskainen O., Falque M., Moreau L., Meaux J., Montes-Hernández S., Eguiarte LE., Vigouroux Y., Manicacci D., Tenaillon M. . (2019) Common gardens in teosintes reveal the establishment of a syndrome of adaptation to altitude. PLOS Genetics, 12 (15) e1008512
  • Martinez N., 25/10/2019, Characterizing the genomic determinants and phenotypic responses to altitudinal adaptation in teosintes (Zea mays ssp. parviglumis and ssp. mexicana), PhD thesis, Université Paris-Saclay
  • Käfer J., Betancourt A., Villain AS., Fernandez M., Vignal C., Marais GAB., Tenaillon M. . (2018) Progress and Prospects in Gender Visibility at SMBE Annual Meetings. Genome Biol Evol, 3 (10) 901-908
  • Lorant A., Ross-Ibarra J., Tenaillon M. , Dutheil JY.. (2018) Genomics of long- and short- term adaptation in maize and teosintes. , (accepted) in press
  • Lorant A., 2018-03-28 28/03/18, Plasticité et adaptation génétique comme contributeurs de l'histoire évolutive du maïs cultivé et des formes sauvages apparentées, PhD thesis, Université Paris-Saclay
  • Odonkor S., Choi S., Chakraborty D., Martinez-Bello L., Wang X., Bahri BA., Tenaillon M. , Panaud O., Devos KM.. (2018) QTL Mapping Combined With Comparative Analyses Identified Candidate Genes for Reduced Shattering in Setaria italica. Front. Plant Sci., (9)
  • Tenaillon M. , Sedikki K., Mollion M., Guilloux ML., Marchadier E., Ressayre A., Dillmann C.. (2018) Transcriptomic response to divergent selection for flowering time in maize reveals convergence and key players of the underlying gene regulatory network. bioRxiv, 461947
  • Aguirre‐Liguori JA., Tenaillon M. , Vázquez‐Lobo A., Gaut BS., Jaramillo‐Correa JP., Montes‐Hernandez S., Souza V., Eguiarte LE.. (2017) Connecting genomic patterns of local adaptation and niche suitability in teosintes. Molecular Ecology, 16 (26) 4226-4240
  • Brandenburg JT., Mary-Huard T., Rigaill G., Hearne SJ., Corti H., Joets J., Vitte C., Charcosset A., Nicolas SD., Tenaillon M. . (2017) Independent introductions and admixtures have contributed to adaptation of European maize and its American counterparts. PLOS Genetics, 3 (13) e1006666
  • Fustier MA., Brandenburg JT., Boitard S., Lapeyronnie J., Eguiarte LE., Vigouroux Y., Manicacci D., Tenaillon M. . (2017) Signatures of local adaptation in lowland and highland teosintes from whole-genome sequencing of pooled samples. Molecular Ecology, 10 (26) 2738-2756
  • Berthouly‐Salazar C., Thuillet AC., Rhoné B., Mariac C., Ousseini IS., Couderc M., Tenaillon M. , Vigouroux Y.. (2016) Genome scan reveals selection acting on genes linked to stress response in wild pearl millet. Molecular Ecology, 21 (25) 5500-5512
  • Fustier MA., 2016-06-16 16/06/16, Adaptation locale des téosintes Zea mays ssp. parviglumis et Zea mays ssp. mexicana le long de gradients altitudinaux, PhD thesis, Université Paris-Sud
  • Martinez-Ainsworth NE., Tenaillon M. . (2016) Superheroes and masterminds of plant domestication. Comptes rendus biologies, 7-8 (339) 268-73
  • Tenaillon M. , Manicacci D., Nicolas SD., Tardieu F., Welcker C.. (2016) Testing the link between genome size and growth rate in maize. PeerJ, (4) e2408