ECLECTIC - Ecological genomics of multi-species interactions

 07/03/2023 -  GQE
Comprendre les forces évolutives façonnant l’adaptation des populations et l’émergence de nouvelles espèces, à des échelles de temps évolutives courtes et longues (respectivement la domestication et la divergence des espèces sauvages)

Responsable :
Amandine Cornille (CNRS)

Bienvenue dans l’équipe ECLECTIC dirigée par Amandine Cornille au laboratoire Génétique Quantitative et Evolution-Le Moulon, Univ. Paris Saclay!

Nous utilisons des combinaisons de diverses approches (expériences en laboratoire, travaux de terrain, modélisation, biologie moléculaire, génétique des populations et génomique) pour contribuer à la compréhension des mécanismes écologiques et évolutifs à l’origine de la diversité des plantes, et de leurs symbiotes associés (parasites, mutualistes), et à la manière dont ils évoluent et s’adaptent à leur environnement.

Amandine Cornille a reçu le prix Paoletti du CNRS 2020   pour ses recherches en tant que jeune chercheuse dans le domaine de la biologie!

ECLECTIC est rattaché au LabEx SPS   (Sciences des Plantes de Saclay) et à l’école doctorale SEVE   .

Voir comment rejoindre l’équipe ELECTIC à la fin de cette page web!

MEMBERS

Amandine Cornille (she/her/hers) est chercheure Classe Normale (CN) CNRS et cheffe d’équipe de l’équipe ECLECTIC @CornilleAmand  

Anthony Venon (he/him/his) est technicien INRAE, et développe de nouvelles méthodes de séquençage dans le cadre des multiples projets menés par l’équipe sur les fruitiers et les pucerons.

Amandine Hansart (she/her/hers) est ingénieure d’études CNRS en agroécologie, et organise les mesures de terrain et programmes de médiation scientifique de l’équipe sur les vergers sur l’impact des changements globaux sur la biodiversité.

(he/him/his) est en thèse (école doctorale SEVE) sur les bases écologiques et génomiques de l’adaptation chez le puceron cendré du pommier, sous l’encadrement d’Amandine Cornille. Il a un Master en Science de l’Université de Tsukuba, Japan (2017-2019).

(he/him/his) est postdoctorant encadré par Amandine Cornille et travaille sur les procesus d’adaptation chez les pommiers durant la domestication. Il est docteur diplômé de la Northwest A&F University en Chine.

Célia Lougmani (she/her/hers) est étudiante en thèse depuis Octobre 2022 (INRAE et CLAND) encadrée par Amandine Cornille, Karine Alix et Véronique Decroocq (INRAE Bordeaux), et travaille sur les mécanismes d’adaptation des amandiers et abricotiers durant la domestication.

Yuqi Nie (he/him/his) est en thèse (Chinese Science Council, école doctorale “Science du Végétal” ED 567) encadré par Amandine Cornille, sur les mécanismes d’adaptation des poiriers pendant la domestication.

Ronan Dodole (he/him/his) est en stage de Master 2 Bioinformatique (Université d Rennes, France) et étudie le role des éléments transposables dans la réponse au stress biotique, en utilisant le modèle puceron-pommier. Il est encadré par Amandine Cornille, Amandine Hansart et Xilong Chen.

Aurélie Mesnil (she/her/hers) est postdoctorante et s’intéresse à la génomique de l’adaptation des arbres fruitiers en utilisant des approches de génomique des populations. Elle est docteure diplômée de l’IFREMER-ASIM / IHPE, France.

Maxime Criado (he, him, his) est étudiant en Master 2 Bioinformatique (Université Paris Saclay, France) et s’intéressent aux gènes impliqués dans les interactions multi-trophiques. Maxime Criado est encadré par Amandine Cornille et Xilong Chen.

FUNDING

Fondation de la Recherche pour la Biodiversité

ANR JCJC 2021-2025: Population genomics of TEs in trees (PLEASURE).

IDEEV 2021: Role of TEs in the responses of fruit trees to abiotic and biotic stresses

La Diagonale “Coup de pouce” 2020   “Ya comme un pépin pour la planète”

ECOTRON project 2020-2021 : Effet du changement climatique sur les pommiers sauvages apparentés au pommier cultivé. [http://www.cereep.ens.fr/spip.php?article9&lang=fr]

ATIP-Avenir 2019-2021: Bases génomiques de l’adaptation locale dans les interactions pucerons-arbres fruitiers.

Projet européen INTERREG France-Wallonie-Vlaanderen « PROVERBIO 2019-2022: “Protection des vergers par lutte biologique : une sélection adaptée des auxiliaires”", avec le soutien du Fonds européen de développement régional, Met steun van het Europees Fonds voor Regionale Ontwikkeling

La Diagonale “Coup de pouce” 2019   “Ya comme un pépin”

IDEEV 2020: Bases moléculaires de l’interaction puceron-bactérie.

European LEADER project: Installation d’un verger de pommiers sauvages sur le plateau de Saclay.

IDEEV 2017 and 2018: Assemblage de novo du génome du puceron cendré du pommier.

LabEX Biodiversity Agrosystem Climate and Society Emergence project 2016-2018 “Conséquences de la domestication sur l’adaptation des ravageurs à leur hôte, les arbres fruitiers”.

COLLABORATORS

Karine Alix, AgroParisTech, France

Arnaud Lemarquand et Frédérique Didelot à l’Unité expérimentale horticale INRAE (UEH)   , France

Camille Meslin   , iEES, France

Emmanuelle Jacquin-Joly   , iEES, France

Fabrice Legeai   , INRAE, Rennes, France

Véronique Decroocq   , INRAE, Bordeaux, France

Yann Bourgeois   , Porthmouth University, UK

David Chagné   , The New Zealand Institute for Plant & Food Research, NZ

Stéphane Bazot   , Univ. Paris Saclay, France

Dominique Lavenier   , INRIA, Rennes, France

Tatiana Giraud   , Univ. Paris Saclay, France

Maud Tenaillon, Univ. Paris Saclay

Ammar Alhmedi and Tim Bellien   , PC-Fruit, Belgium

Enrique Dapena   and Marcos Minarros   , SERIDA, Asturias, Spain

Jia-Long Yao , The New Zealand Institute for Plant & Food Research Limited, Auckland

Clément Lafon-Placette   , Univ. Charles, Pragues, Czech Republic

Hamed Yousefzadeh, Univ. Tarbiat Modares, Iran

JOIN THE ECLECTIC LAB

Nous sommes toujours à la recherche d’excellent(e)s étudiant(e)s et postdocs pour rejoindre le laboratoire!

Vous êtes au bon endroit si vous êtes passionné(e) par les questions d’écologie, d’évolution, de génomique, ainsi que par les conséquences appliquées de ces découvertes. Les futur(e)s étudiant(e)s en licence, master, doctorat ou postdocs intéressé(e)s doivent d’abord envoyer un mail à Amandine Cornille (amandine.cornille[a]cnrs.fr), leur CV et une brève description de leurs intérêts de recherche, de leur parcours, de leurs objectifs de carrière et des raisons pour lesquelles ils souhaitent rejoindre l’équipe d’Amandine Cornille.

CONTACT

Génétique Quantitative et Évolution - Le Moulon
Ferme du Moulon
F-91190 Gif-sur-Yvette
e-mail : amandine.cornille[at]inrae.fr or amandine.cornille[at]universite-paris-saclay.fr
Phone: + 33 1 69 33 23 52
Google Scholar profile  
Research Gate  
ORCID  
Twitter : [@CornilleAmand] & [@PommierVerger]

Membres

• Amandine Cornille, Group leader (CNRS)
• Anthony Venon, Technicien de Recherche (INRAE)

Publications

• Bina H., Yousefzadeh H., Venon A. , Remoué C., Rousselet A., Falque M., Faramarzi S., Chen X., Samanchina J., Gill D., Kabaeva A., Giraud T., Hosseinpour B., Abdollahi H., Gabrielyan I., Nersesyan A., Cornille A. . (2022) Evidence of an additional centre of apple domestication in Iran, with contributions from the Caucasian crab apple Malus orientalis Uglitzk. to the cultivated apple gene pool. Molecular Ecology, 21 (31) 5581-5601
• Chen X., Cornille A. , An H., Xing L., Ma J., Zhao C., Wang Y., Han M., Dong Z.. (2022) The East Asian wild apples, Malus baccata (L.) Borkh and Malus hupehensis (Pamp.) Rehder., are additional contributors to the genomes of cultivated European and Chinese varieties. Molecular Ecology, (accepted)
• Cornille A. , Ebert D., Stukenbrock E., Rodríguez de la Vega RC., Tiffin P., Croll D., Tellier A.. (2022) Unraveling coevolutionary dynamics using ecological genomics. Trends in Genetics, (accepted)
• Brisou G., Piquerez SJM., Minoia S., Marcel F., Cornille A. , Carriero F., Boualem A., Bendahmane A., Vicente A.. (2021) Induced mutations in SlE8 and SlACO1 control tomato fruit maturation and shelf-life. Journal of Experimental Botany, 20 (72) 6920-6932
• Chen X., Cornille A. , An N., Xing L., Ma J., Zhao C., Wang Y., Han M., Zhang D.. (2021) The Siberian wild apple is an additional contributor to the genome of the cultivated European and Chinese apple. bioRxiv,
• Denoirjean T., Doury G., Cornille A. , Chen X., Hance T., Ameline A.. (2021) Genetic structure of Malus sylvestris and potential link with preference/performance by the rosy apple aphid pest Dysaphis plantaginea. Sci Rep, 1 (11) 5732
• Groppi A., Liu S., Cornille A. , Decroocq S., Bui QT., Tricon D., Cruaud C., Arribat S., Belser C., Marande W., Salse J., Huneau C., Rodde N., Rhalloussi W., Cauet S., Istace B., Denis E., Carrère S., Audergon JM., Roch G., Lambert P., Zhebentyayeva T., Liu WS., Bouchez O., Lopez-Roques C., Serre RF., Debuchy R., Tran J., Wincker P., Chen X., Pétriacq P., Barre A., Nikolski M., Aury JM., Abbott AG., Giraud T., Decroocq V.. (2021) Population genomics of apricots unravels domestication history and adaptive events. Nat Commun, 1 (12) 3956
• Koupilová K., Koubek T., Cornille A. , Janovský Z.. (2021) Local maladaptation of the anther-smut fungus parasitizing Dianthus carthusianorum. European Journal of Plant Pathology, 2 (160) 365-374
• Olvera-Vazquez SG., Alhmedi A., Miñarro M., Shykoff JA., Marchadier E., Rousselet A., Remoué C., Gardet R., Degrave A., Robert P., Chen X., Porchier J., Giraud T., Vander-Mijnsbrugee K., Raffoux X., Falque M., Alins G., Didelot F., Beliën T., Dapena E., Lemarquand A., Cornille A. . (2021) Experimental test for local adaptation of the rosy apple aphid (Dysaphis plantaginea) to its host (Malus domestica) and to its climate in Europe. PCI Ecology, (Pre-registration version)
• Olvera-Vazquez SG., Remoué C., Venon A. , Rousselet A., Grandcolas O., Azrine M., Momont L., Galan M., Benoit L., David GM., Alhmedi A., Beliën T., Alins G., Franck P., Haddioui A., Jacobsen SK., Andreev R., Simon S., Sigsgaard L., Guibert E., Tournant L., Gazel F., Mody K., Khachtib Y., Roman A., Ursu TM., Zakharov IA., Belcram H., Harry M., Roth M., Simon JC., Oram S., Ricard JM., Agnello A., Beers EH., Engelman J., Balti I., Salhi-Hannachi A., Zhang H., Tu H., Mottet C., Barrès B., Degrave A., Razmjou J., Giraud T., Falque M., Dapena E., Miñarro M., Jardillier L., Deschamps P., Jousselin E., Cornille A. . (2021) Large-scale geography survey provides insights into the colonization history of a major aphid pest on its cultivated apple host in Europe, North America and North Africa. Peer Community Journal, (1)
• İltaş Ömer., Svitok M., Cornille A. , Schmickl R., Lafon Placette C.. (2021) Early evolution of reproductive isolation: A case of weak inbreeder/strong outbreeder leads to an intraspecific hybridization barrier in Arabidopsis lyrata. Evolution, 6 (75) 1466-1476