PAPPSO - Plateforme d’Analyse Protéomique de Paris Sud-Ouest

 22/12/2022 -  GQE
Identification et quantification des protéines, analyse des modifications post-traductionnelles, développements méthodologiques, bioinformatique pour la protéomique

Responsable :
Mélisande Blein-Nicolas (INRAE)

Plateforme d'Analyse Protéomique de Paris Sud-Ouest

La plateforme PAPPSO   réalise des analyses de protéomique dans le cadre de prestations et de collaborations.

Analyses protéomiques

PAPPSO regroupe deux plateaux techniques :

  • à Gif-sur-Yvette, adossée à l’UMR Génétique Quantitative et Évolution – Le Moulon, l’équipe est spécialisée dans la biologie végétale ;
  • à Jouy-en-Josas, adossée à l’UMR Micalis, l’équipe est spécialisée dans les procaryotes.

La plateforme a développé une expertise dans la réalisation d’expériences à grands effectifs (plusieurs centaines d’échantillons) ainsi que dans la peptidomique et la métaprotéomique. Par exemple à l’heure actuelle, une expérience de génétique d’association sur le protéome de maïs porte sur plus de mille échantillons, et une analyse de métaprotéomique du microbiote intestinal porte sur plusieurs centaines d’échantillons.

Bioinformatique

Parallèlement aux développements en spectrométrie de masse, la plateforme développe des outils d’analyse protéomique adaptés aux grands effectifs et aux échantillons de grande complexité. Ils permettent de maîtriser l’ensemble de la chaîne de traitement depuis l’identification des peptides jusqu’à la quantification des protéines et à l’analyse statistique de leur variation.

La plateforme s’est dotée d’une infrastructure informatique qui lui permet de gérer ces données de très grande taille. PAPPSO diffuse les outils qu’elle développe en open source, organise des formations et accompagne les utilisateurs dans l’exploitation de leurs résultats, en particulier jusqu’à leur analyse bioinformatique et statistique.

Principaux outils bioinformatiques développés par PAPPSO   :

  • X!TandemPipeline (1) pour l’identification et l’inférence des protéines,
  • MassChroQ (2) pour la quantification des peptides,
  • la base de données ProticDB (3),
  • le paquet R MCQ pour l’analyse statistique des données protéomiques de spectrométrie de masse.

Equipement

PAPPSO est équipée de différents spectromètres de masse adaptés à différents niveaux de complexité du mélange protéique : un LTQ, un LTQ-Orbitrap, un Q-Exactive plus, un Orbitrap Fusion Lumos et un timsTOF.

Labels et certification

La plateforme est labellisée IBiSA depuis 2009. Elle a été régulièrement labellisée par la CNOC de l’INRA en tant que Plateforme Stratégique INRA (2009-2013), Plateforme Nationale Stratégique (2013-2018) et enfin ISC (2018). PAPPSO est certifiée ISO9001 depuis 2017.

Membres

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