GEvAD - Génomique Evolutive et Adaptation des plantes Domestiquées

 19/07/2024 -  GQE
Etude des mécanismes qui ont accompagné l’évolution des plantes cultivées depuis leur domestication, jusqu’à leur diffusion et adaptation à une diversité d’environnements

Responsable :
Maud Tenaillon (CNRS)

A partir de la caractérisation des patrons de diversité génomique des plantes domestiquées et de leurs apparentés sauvages :

Nous employons une approche intégrative alliant outils bioinformatiques et moléculaires, mesures de phénotypes, génomique des populations, modélisation statistique et biologie des systèmes. Les enseignants-chercheurs de l’équipe dispensent des enseignements en évolution, génétique des populations et quantitative, génomique végétale, amélioration des plantes, biostatistiques, à AgroParisTech et à l’Université Paris-Saclay.

Méthodologies

Évolution des plantes cultivées depuis leur domestication

Karine Alix, , Pierre Gérard, Martine Le Guilloux, , Agnès Rousselet, Maud Tenaillon

Syndrome de domestication phénotypique et moléculaire

  • Comment ont évolué les espaces phénotypiques sauvages et domestiques ?
  • Quel impact de la sélection humaine sur les corrélations génétiques entre caractères, les patrons de co-expression des gènes, les réseaux de régulation ?
  • Quelle est l’implication des éléments transposables dans la structuration génomique des complexes d’espèces ?

Isolement reproducteur entre formes sauvages et cultivées

  • Quelle est l’étendue des barrières à la reproduction ?
  • Quels sont les liens entre ces barrières et les niveaux de divergence historique, génomique, phénotypique ?
  • Quels sont leurs déterminants moléculaires ?

Conséquences génomiques de l’hybridation interspécifique

  • Quelles sont les réponses moléculaires à l’allopolyploïdie ?
  • Quel est l’impact des variations structurales associées à l’allopolyploïdie sur le répertoire des micro ARN ?
  • Peut-on caractériser les relations entre changements structuraux et fonctionnels ?

Domestication des interactions interspécifiques (maïs-haricot)

  • Quelles sont les origines américaines des variétés de maïs et haricots cultivées en association aujourd’hui en Europe?
  • Quels sont les déterminants du succès de cette association (complémentarité et facilitation) ?

Régulation des gènes, variation structurale et adaptation polygénique

Karine Alix, Maud Fagny, Johann Joets, Clémentine Vitte

Pangénomique et adaptation
Nous étudions les gènes accessoires (présents-absents) et leur contribution au développement et à la réponse à l’environnement.

  • Quelles sont les caractéristiques structurales et fonctionnelles des gènes accessoires par rapport aux gènes cores ?
  • Quel est le rôle des gènes accessoires dans l’adaptation ?
  • Quelles sont les forces évolutives qui façonnent le génome accessoire ?

Éléments transposables, éléments cis-régulateurs et régulation de l’expression des gènes
Nous étudions la contribution des éléments transposables à l’évolution de l’expression des génomes.

  • Quelle est la contribution des éléments transposables aux éléments cis-régulateurs de l’expression des gènes ? -Quelles fonctions régulent-ils ?
  • Sont-ils particulièrement importants dans la réponse à l’environnement ?
  • Quel est l’impact de la variation structurale liée aux éléments transposables sur la régulation des gènes ?

Réponse adaptative des réseaux de régulation de l’expression des gènes

Nous étudions la réponse des réseaux de régulation de l’expression des gènes à l’environnement, et leur rôle dans l’adaptation des plantes domestiquées.

  • Dans quelle mesure les réseaux de régulation de l’expression des gènes sont-ils réorganisés en réponse à la sélection ? - Quel est le lien entre structure des réseaux et réponse phénotypique ?
  • Comment la structure des réseaux contraint-elle ou facilite-t’elle l’adaptation des caractères polygéniques à l’environnement ?

Pour répondre à ces questions, nous utilisons comme modèle principal le développement du maïs et sa réponse aux stress abiotiques (notamment le déficit hydrique). Nous générons des données de génomique (assemblages complets de génomes, reséquençage de panels de lignées), d’épigénomique (méthylome et ATAC-seq) et de transcriptomique (mRNA-seq) que nous analysons par des approches de bioinformatique, de biostatistique et de biologie des systèmes.

Projets financés

  • Projet H2020, Topic SFS-28-01-2019: ‘GenRes and pre-breeding communities” (INCREASE, 2020-2026) Page du projet H2020  

  • ANR Générique ‘La domestication comme un pas vers l’isolement reproducteur’ (DOMISOL, 2020-2026) Page du projet DomIsol  

  • ANR PRC “Les échanges entre homéologues comme moteur d’innovation chez le colza – EDIn” (EDIn, 2023−2026) Page du projet EDIn  

  • ANR JCJC “Caractériser les structures de réseaux déterminant la tolérance du maïs au déficit hydrique pour améliorer la sélection génomique” (NETWITS 2024-2028) Page du projet NETWITS  

Membres

Publications

  • Stone K., Platig J., Quackenbush J., Fagny M. . (2024) Complex Traits Heritability is Highly Clustered in the eQTL Bipartite Network. bioRxiv, 2024.02.27.582063
  • Desbiez-Piat A., Ressayre A., Marchadier E., Noly A., Remoue C., Vitte C. , Belcram H., Bourgais A., Galic N., Guilloux ML., Tenaillon M. , Dillmann C.. (2023) Pervasive GxE interactions shape adaptive trajectories and the exploration of the phenotypic space in artificial selection experiments. Genetics, (in press) 2023.01.13.523786
  • Desbiez-Piat A., Ressayre A., Marchadier E., Noly A., Bourgais A., Galic N., Le Guilloux M. , Tenaillon M. , Dillmann C.. (2023) The coupling between mutations effects and environment guides the exploration of phenotypic space as evidenced in artificial selection experiments. DOI.org (Crossref),
  • Papalini S., Di Vittori V., Pieri A., Allegrezza M., Frascarelli G., Nanni L., Bitocchi E., Bellucci E., Gioia T., Pereira LG., Susek K., Tenaillon M. , Neumann K., Papa R.. (2023) Challenges and Opportunities behind the Use of Herbaria in Paleogenomics Studies. Plants, 19 (12) 3452
  • Tenaillon M. , Burban E., Huynh S., Wojcik A., Thuillet AC., Manicacci D., Gérard P. , Alix K. , Belcram H., Cornille A., Brault M., Stevens R., Lagnel J., Dogimont C., Vigouroux Y., Glémin S.. (2023) Crop domestication as a step toward reproductive isolation. American Journal of Botany, 7 (110) e16173
  • Bastide H., Ogereau D., Montchamp-Moreau C., Gérard P. . (2022) The fate of a suppressed X-linked meiotic driver: experimental evolution in Drosophila simulans. Chromosome Res, 2-3 (30) 141-150
  • Ben Guebila M., Weighill D., Lopes-Ramos CM., Burkholz R., Pop RT., Palepu K., Shapoval M., Fagny M. , Schlauch D., Glass K., Altenbuchinger M., Kuijjer ML., Platig J., Quackenbush J.. (2022) An online notebook resource for reproducible inference, analysis and publication of gene regulatory networks. Nat Methods, 5 (19) 511-513
  • Burban E., Tenaillon M. , Le Rouzic A.. (2022) Gene network simulations provide testable predictions for the molecular domestication syndrome. Genetics, 2 (220) iyab214
  • Conde E Silva N., Leguilloux M., Bellec A., Rodde N., Aubert J., Manicacci D., Damerval C., Berges H., Deveaux Y., Bartlett M.. (2023) A MITE insertion abolishes the AP3-3 self-maintenance regulatory loop in apetalous flowers of Nigella damascena. Journal of Experimental Botany, 5 (74) 1448-1459
  • Fagny M. , Glass K., Kuijjer ML.. (2022) Editorial: Applications and Methods in Genomic Networks. Front. Genet., (13) 936015
  • Fréville H., Montazeaud G., Forst E., David J., Papa R., Tenaillon M. . (2022) Shift in beneficial interactions during crop evolution. Evolutionary Applications, 6 (15) 905-918
  • Gaynor SM., Fagny M. , Lin X., Platig J., Quackenbush J.. (2022) Connectivity in eQTL networks dictates reproducibility and genomic properties. Cell Reports Methods, 5 (2) 100218
  • Barrera-Redondo J., Sánchez-de la Vega G., Aguirre-Liguori JA., Castellanos-Morales G., Gutiérrez-Guerrero YT., Aguirre-Dugua X., Aguirre-Planter E., Tenaillon M. , Lira-Saade R., Eguiarte LE.. (2021) The domestication of Cucurbita argyrosperma as revealed by the genome of its wild relative. Hortic Res, 1 (8) 109
  • Bellucci E., Mario Aguilar O., Alseekh S., Bett K., Brezeanu C., Cook D., De la Rosa L., Delledonne M., Dostatny DF., Ferreira JJ., Geffroy V., Ghitarrini S., Kroc M., Kumar Agrawal S., Logozzo G., Marino M., Mary‐Huard T., McClean P., Meglič V., Messer T., Muel F., Nanni L., Neumann K., Servalli F., Străjeru S., Varshney RK., Vasconcelos MW., Zaccardelli M., Zavarzin A., Bitocchi E., Frontoni E., Fernie AR., Gioia T., Graner A., Guasch L., Prochnow L., Oppermann M., Susek K., Tenaillon M. , Papa R.. (2021) The INCREASE project: Intelligent Collections of food‐legume genetic resources for European agrofood systems. Plant J, 3 (108) 646-660
  • Desbiez-Piat A., Le Rouzic A., Tenaillon M. , Dillmann C.. (2021) Interplay between extreme drift and selection intensities favors the fixation of beneficial mutations in selfing maize populations. Genetics, 2 (219)
  • Deveaux Y., Conde e Silva N., Manicacci D., Le Guilloux M. , Brunaud V., Belcram H., Joets J. , Soubigou-Taconnat L., Delannoy E., Corti H., Balzergue S., Caius J., Nadot S., Damerval C.. (2021) Transcriptome Analysis Reveals Putative Target Genes of APETALA3-3 During Early Floral Development in Nigella damascena L.. Front. Plant Sci., (12) 660803
  • Fagny M. , Kuijjer ML., Stam M., Joets J. , Turc O., Rozière J., Pateyron S., Venon A., Vitte C. . (2021) Identification of Key Tissue-Specific, Biological Processes by Integrating Enhancer Information in Maize Gene Regulatory Networks. Frontiers in Genetics, (11) 1703
  • Jabbour F., Pasquier PED., Chazalviel L., Guilloux ML., Conde e Silva N., Deveaux Y., Manicacci D., Galipot P., Heiss AG., Damerval C.. (2021) Evolution of the distribution area of the Mediterranean Nigella damascena and a likely multiple molecular origin of its perianth dimorphism. Flora, (274) 151735
  • Kalendar R., Sabot F., Rodriguez F., Karlov GI., Natali L., Alix K. . (2021) Editorial: Mobile Elements and Plant Genome Evolution, Comparative Analyzes and Computational Tools. Front. Plant Sci., (12) 735134
  • Olvera-Vazquez SG., Remoué C., Venon A., Rousselet A. , Grandcolas O., Azrine M., Momont L., Galan M., Benoit L., David GM., Alhmedi A., Beliën T., Alins G., Franck P., Haddioui A., Jacobsen SK., Andreev R., Simon S., Sigsgaard L., Guibert E., Tournant L., Gazel F., Mody K., Khachtib Y., Roman A., Ursu TM., Zakharov IA., Belcram H., Harry M., Roth M., Simon JC., Oram S., Ricard JM., Agnello A., Beers EH., Engelman J., Balti I., Salhi-Hannachi A., Zhang H., Tu H., Mottet C., Barrès B., Degrave A., Razmjou J., Giraud T., Falque M., Dapena E., Miñarro M., Jardillier L., Deschamps P., Jousselin E., Cornille A.. (2021) Large-scale geography survey provides insights into the colonization history of a major aphid pest on its cultivated apple host in Europe, North America and North Africa. Peer Community Journal, (1)
  • Jabbour F., Pasquier PED., Chazalviel L., Guilloux ML., Condee Silva N., Deveaux Y., Manicacci D., Galipot P., Heiss AG., Damerval C.. (2020) Evolution of the distribution area of the Mediterranean Nigella damascena and a likely multiple molecular origin of its perianth dimorphism. Flora, 151735
  • Lorant A., Ross-Ibarra J., Tenaillon M. , Dutheil JY.. (2020) Genomics of Long- and Short-Term Adaptation in Maize and Teosintes. Springer Link, 289-311
  • Aguirre‐Liguori JA., Gaut BS., Jaramillo‐Correa JP., Tenaillon M. , Montes‐Hernández S., García‐Oliva F., Hearne SJ., Eguiarte LE.. (2019) Divergence with gene flow is driven by local adaptation to temperature and soil phosphorus concentration in teosinte subspecies (Zea mays parviglumis and Zea mays mexicana ). Mol Ecol, 11 (28) 2814-2830
  • Cornille A., Antolín F., Garcia E., Vernesi C., Fietta A., Brinkkemper O., Kirleis W., Schlumbaum A., Roldán-Ruiz I.. (2019) A Multifaceted Overview of Apple Tree Domestication. Trends in Plant Science, 8 (24) 770 - 782
  • Courret C., Gérard P. , Ogereau D., Falque M., Moreau L., Montchamp-Moreau C.. (2019) X-chromosome meiotic drive in Drosophila simulans: a QTL approach reveals the complex polygenic determinism of Paris drive suppression. Heredity, 6 (122) 906-915
  • Fustier MA., Martínez-Ainsworth NE., Aguirre-Liguori JA., Venon A., Corti H., Rousselet A. , Dumas F., Dittberner H., Camarena MG., Grimanelli D., Ovaskainen O., Falque M., Moreau L., Meaux J., Montes-Hernández S., Eguiarte LE., Vigouroux Y., Manicacci D., Tenaillon M. . (2019) Common gardens in teosintes reveal the establishment of a syndrome of adaptation to altitude. PLOS Genetics, 12 (15) e1008512
  • Hartmann FE., Rodríguez de la Vega RC., Carpentier F., Gladieux P., Cornille A., Hood ME., Giraud T.. (2019) Understanding Adaptation, Coevolution, Host Specialization, and Mating System in Castrating Anther-Smut Fungi by Combining Population and Comparative Genomics. Annu. Rev. Phytopathol., 1 (57) annurev-phyto-082718-095947
  • Liu S., Cornille A., Decroocq S., Tricon D., Chague A., Eyquard JP., Liu WS., Giraud T., Decroocq V.. (2019) The complex evolutionary history of apricots: species divergence, gene flow and multiple domestication events. Mol Ecol, mec.15296
  • Mabire C., Duarte J., Darracq A., Pirani A., Rimbert H., Madur D., Combes V., Vitte C. , Praud S., Rivière N., Joets J. , Pichon JP., Nicolas SD.. (2019) High throughput genotyping of structural variations in a complex plant genome using an original Affymetrix® axiom® array. BMC Genomics, 1 (20) 848
  • Martinez N., 25/10/2019, Characterizing the genomic determinants and phenotypic responses to altitudinal adaptation in teosintes (Zea mays ssp. parviglumis and ssp. mexicana), PhD thesis, Université Paris-Saclay
  • Martinez Palacios P., Jacquemot MP., Tapie M., Rousselet A. , Diop M., Remoué C., Falque M., Lloyd A., Jenczewski E., Lassalle G., Chévre AM., Lelandais C., Crespi M., Brabant P., Joets J. , Alix K. . (2019) Assessing the Response of Small RNA Populations to Allopolyploidy Using Resynthesized Brassica napus Allotetraploids. Mol Biol Evol, 4 (36) 709-726
  • Peace CP., Bianco L., Troggio M., van de Weg E., Howard NP., Cornille A., Durel CE., Myles S., Migicovsky Z., Schaffer RJ., Costes E., Fazio G., Yamane H., van Nocker S., Gottschalk C., Costa F., Chagné D., Zhang X., Patocchi A., Gardiner SE., Hardner C., Kumar S., Laurens F., Bucher E., Main D., Jung S., Vanderzande S.. (2019) Apple whole genome sequences: recent advances and new prospects. Hortic Res, 1 (6) 59
  • Ruhsam M., Jessop W., Cornille A., Renny J., Worrell R.. (2019) Crop-to-wild introgression in the European wild apple Malus sylvestris in Northern Britain. Forestry (Lond), 1 (92) 85-96
  • Scarcelli N., Cubry P., Akakpo R., Thuillet AC., Obidiegwu J., Baco MN., Otoo E., Sonké B., Dansi A., Djedatin G., Mariac C., Couderc M., Causse S., Alix K. , Chaïr H., François O., Vigouroux Y.. (2019) Yam genomics supports West Africa as a major cradle of crop domestication. Sci. Adv., 5 (5) eaaw1947
  • Volk GM., Cornille A., Korban SS.. (2019) Genetic Diversity and Domestication History in Pyrus. Springer Link, 51-62
  • Akakpo R., 2018-05-16 16/05/18, Étude de la domestication et de l’adaptation de l’igname (Dioscorea spp) en Afrique par des approches génomiques, PhD thesis, Université Paris-Saclay
  • Amirchakhmaghi N., Yousefzadeh H., Hosseinpour B., Espahbodi K., Aldaghi M., Cornille A.. (2018) First insight into genetic diversity and population structure of the Caucasian wild apple (Malus orientalis Uglitzk.) in the Hyrcanian forest (Iran) and its resistance to apple scab and powdery mildew. Genet Resour Crop Evol, 4 (65) 1255-1268
  • Besnard G., Terral JF., Cornille A.. (2018) On the origins and domestication of the olive: a review and perspectives. Annals of botany, 3 (121) 385-403
  • Dard-Dascot C., Naquin D., d'Aubenton-Carafa Y., Alix K. , Thermes C., van Dijk E.. (2018) Systematic comparison of small RNA library preparation protocols for next-generation sequencing. BMC genomics, 1 (19) 118
  • Darracq A., Vitte C. , Nicolas S., Duarte J., Pichon JP., Mary-Huard T., Chevalier C., Bérard A., Le Paslier MC., Rogowsky P., Charcosset A., Joets J. . (2018) Sequence analysis of European maize inbred line F2 provides new insights into molecular and chromosomal characteristics of presence/absence variants. BMC Genomics, 1 (19) 119
  • Käfer J., Betancourt A., Villain AS., Fernandez M., Vignal C., Marais GAB., Tenaillon M. . (2018) Progress and Prospects in Gender Visibility at SMBE Annual Meetings. Genome Biol Evol, 3 (10) 901-908
  • Lorant A., Ross-Ibarra J., Tenaillon M. , Dutheil JY.. (2018) Genomics of long- and short- term adaptation in maize and teosintes. , (accepted) in press
  • Lorant A., 2018-03-28 28/03/18, Plasticité et adaptation génétique comme contributeurs de l'histoire évolutive du maïs cultivé et des formes sauvages apparentées, PhD thesis, Université Paris-Saclay
  • Odonkor S., Choi S., Chakraborty D., Martinez-Bello L., Wang X., Bahri BA., Tenaillon M. , Panaud O., Devos KM.. (2018) QTL Mapping Combined With Comparative Analyses Identified Candidate Genes for Reduced Shattering in Setaria italica. Front. Plant Sci., (9)
  • Tenaillon M. , Sedikki K., Mollion M., Guilloux ML., Marchadier E., Ressayre A., Dillmann C.. (2018) Transcriptomic response to divergent selection for flowering time in maize reveals convergence and key players of the underlying gene regulatory network. bioRxiv, 461947
  • Aguirre‐Liguori JA., Tenaillon M. , Vázquez‐Lobo A., Gaut BS., Jaramillo‐Correa JP., Montes‐Hernandez S., Souza V., Eguiarte LE.. (2017) Connecting genomic patterns of local adaptation and niche suitability in teosintes. Molecular Ecology, 16 (26) 4226-4240
  • Akakpo R., Scarcelli N., Chaïr H., Dansi A., Djedatin G., Thuillet AC., Rhoné B., François O., Alix K. , Vigouroux Y.. (2017) Molecular basis of African yam domestication: analyses of selection point to root development, starch biosynthesis, and photosynthesis related genes. BMC Genomics, 1 (18) 782
  • Alix K. , Gérard P. , Schwarzacher T., Heslop-Harrison JSP.. (2017) Polyploidy and interspecific hybridization: partners for adaptation, speciation and evolution in plants. Ann Bot, 2 (120) 183-194
  • Brandenburg JT., Mary-Huard T., Rigaill G., Hearne SJ., Corti H., Joets J. , Vitte C. , Charcosset A., Nicolas SD., Tenaillon M. . (2017) Independent introductions and admixtures have contributed to adaptation of European maize and its American counterparts. PLOS Genetics, 3 (13) e1006666
  • Feurtey A., Cornille A., Shykoff JA., Snirc A., Giraud T.. (2017) Crop‐to‐wild gene flow and its fitness consequences for a wild fruit tree: Towards a comprehensive conservation strategy of the wild apple in Europe. Evolutionary Applications, 2 (10) 180-188
  • Fustier MA., Brandenburg JT., Boitard S., Lapeyronnie J., Eguiarte LE., Vigouroux Y., Manicacci D., Tenaillon M. . (2017) Signatures of local adaptation in lowland and highland teosintes from whole-genome sequencing of pooled samples. Molecular Ecology, 10 (26) 2738-2756
  • Petit E., Silver C., Cornille A., Gladieux P., Rosenthal L., Bruns E., Yee S., Antonovics J., Giraud T., Hood ME.. (2017) Co-occurrence and hybridization of anther-smut pathogens specialized on Dianthus hosts. Molecular Ecology, 7 (26) 1877-1890
  • Berthouly‐Salazar C., Thuillet AC., Rhoné B., Mariac C., Ousseini IS., Couderc M., Tenaillon M. , Vigouroux Y.. (2016) Genome scan reveals selection acting on genes linked to stress response in wild pearl millet. Molecular Ecology, 21 (25) 5500-5512
  • Cornille A., Salcedo A., Kryvokhyzha D., Glémin S., Holm K., Wright SI., Lascoux M.. (2016) Genomic signature of successful colonization of Eurasia by the allopolyploid shepherd's purse (Capsella bursa-pastoris). Molecular Ecology, 2 (25) 616–629
  • Decroocq S., Cornille A., Tricon D., Babayeva S., Chague A., Eyquard JP., Karychev R., Dolgikh S., Kostritsyna T., Liu S., Liu W., Geng W., Liao K., Asma BM., Akparov Z., Giraud T., Decroocq V.. (2016) New insights into the history of domesticated and wild apricots and its contribution to Plum pox virus resistance. Molecular Ecology, 19 (25) 4712–4729
  • Feurtey A., Gladieux P., Hood ME., Snirc A., Cornille A., Rosenthal L., Giraud T.. (2016) Strong phylogeographic co-structure between the anther-smut fungus and its white campion host. New Phytologist, 3 (212) 668-679
  • Fustier MA., 2016-06-16 16/06/16, Adaptation locale des téosintes Zea mays ssp. parviglumis et Zea mays ssp. mexicana le long de gradients altitudinaux, PhD thesis, Université Paris-Sud
  • Kryvokhyzha D., Holm K., Chen J., Cornille A., Glémin S., Wright S., Lagercrantz U., Lascoux M.. (2016) The influence of demographic history on gene expression variation in the ubiquitous weed Capsella bursa-pastoris (Brassicaceae). , 1106-21
  • Martinez-Ainsworth NE., Tenaillon M. . (2016) Superheroes and masterminds of plant domestication. Comptes rendus biologies, 7-8 (339) 268-73
  • Tenaillon M. , Manicacci D., Nicolas SD., Tardieu F., Welcker C.. (2016) Testing the link between genome size and growth rate in maize. PeerJ, (4) e2408