ACEP - Atelier Cartographie, Expression et Polymorphisme

 14/04/2023 -  GQE
Projets communs de cartographie et de biologie moléculaire. Veille technologique et développements méthodologiques pour des projets spécifiques.

Responsable :
Matthieu Falque (INRAE)

L’équipe “Atelier Cartographie, Expression, Polymorphisme” (ACEP) est une structure transversale qui intervient en appui aux différentes équipes de l’UMR sur des thématiques de biologie moléculaire et de cartographie génétique. Elle prend en charge en particulier des analyses de polymorphisme de séquence de l’ADN (marquage moléculaire ou séquençage) et des mesures de niveau d’expression de gènes, ainsi que la construction de cartes génétiques et le développement des méthodes et des outils de cartographie. En collaboration avec l’équipe BASE, l’équipe ACEP mène des projets de recherche sur l’analyse du nombre et de la répartition des crossing-overs méiotiques par des approches de cartographie génétique.

mapping

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L’équipe ACEP assure une veille technologique pour répondre à l’évolution des besoins de l’UMR en biologie moléculaire et autres analyses de laboratoire. Elle s’occupe de l’acquisition des équipements, de la mise au point des nouveaux protocoles, et coordonne l’utilisation du laboratoire commun de biologie moléculaire où intervient du personnel des différentes équipes de l’UMR. Enfin, l’équipe ACEP accueille régulièrement des étudiants en stage de niveau L3 à M2 et forme du personnel d’autres équipes aux manipulations de biologie moléculaire.

Thèmes d’ACEP

  1. Génotypage et analyse de polymorphisme de séquence de l’ADN

    • Marqueurs microsatellites (SSR) sur gels d’agarose haute-résolution ou polyacrylamide (séquenceurs LiCor).
    • Marqueurs SNP (single-nucleotide polymorphism) par la méthode CAS-PCR (Competitive Allele-Specific PCR) ou sous-traités (méthode KASPar, Illumina Infinium, Affymetrix, ou GBS (Génotypage par Séquençage)).
    • Autres méthodes de génotypage : CAPS (Cleaved Amplified Polymorphic Sequences) ou IDP (Insertion-Deletion Polymorphism) sur séquenceur, AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism), SSAP (Sequence-Specific Amplified Polymorphsim).
    • Analyses de polymorphisme par séquençage “vertical” de séries alléliques dans le cadre de projets de génétique d’association ou d’études de diversité.
  2. Analyse du niveau d’expression de gènes par RT-PCR quantitative en temps réel et RNA-seq

  3. Cartographie génétique

L’équipe fournit un service de construction de cartes génétiques à partir des données de génotypage de populations en ségrégation et développe des outils moléculaires et des logiciels pour la cartographie génétique.

Membres